¶ TURBOMOLE
Turbomole to komercyjny pakiet oprogramowania kwantowo-chemicznego służący do badania struktury elektronowej układów - od pojedynczych molekuł, przez kompleksy molekularne, aż po układy periodyczne. Umożliwia on wykorzystanie zarówno metod ab initio, jak i technik opartych na teorii funkcjonału gęstości (DFT). Pakiet implementuje wiele algorytmów stosowanych we współczesnej chemii kwantowej.
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Licencja
¶ Warunki licencji
Użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu wyłącznie w celach naukowych.
Wykorzystanie licencji w celach komercyjnych jest zabronione
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM
Aby uruchomić obliczenia z plikiem wsadowym plik.inp, należy wywołać polecenie:
sub-turbomole-7.6 jobex -n 4 -p 12 -m 150 -w 10
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-turbomole-7.6
sub-turbomole-7.9
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów spowoduje wyświetlenie informacji o sposobie ich określenia:
sub-turbomole-7.6
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-turbomole program_name [jobex] [parameters]
Parameters:
-q queue (default - bem2-cpu)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)
Sub-skrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
- Tworzymy plik
myjob.sh - Wstawiamy do kolejki komendą
sbatch
sbatch myjob.sh
Przykładowe zadanie wsadowe z plikiem wejściowym plik.inp:
### Job name
#SBATCH --job-name=TURBOMOLE_SERIAL
### File / path where the output will be written, the %J is the job id
#SBATCH --output=TURBOMOLE_SERIAL.%J
### Request the time you need for execution. The full format is D-HH:MM:SS
### You must at least specify minutes or days and hours and may add or
### leave out any other parameters
#SBATCH --time=80
### Change to the work directory, if needed
#cd "$HOME/workdirectory"
### load modules and execute
module load TURBOMOLE/7.5.1
### start non-interactive batch job
jobex plik.inp
¶ Informacje o wykorzystaniu
Przy publikacjach należy zacytować użycie pakietuwraz z numerem wersji:
-
TURBOMOLE V7.8,rozwijany początkowo na Uniwersytecie w Karlsruhe i Forschungszentrum Karlssruhe GmbH (1989-2007), a następnie przez TURBOMOLE GmbH (od 2007 roku); dostępny na stronie: https://www.turbomole.org -
Należy również przywołać artykuł przeglądowy: https://doi.org/10.1063/5.0004635
-
Ponadto w publikacjach naukowych wymagane jest odpowiednie cytowanie zastosowanych metod i procedur. Odpowiednie informacje o literaturze znajdują się w nagłówkach plików wyjściowych poszczególnych modułów programu TURBOMOLE.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science.pl Jeśli nie masz konta e-science.pl - zarejestruj się
- Brak usługi "Przetwórz na Superkomputerze" Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej
¶ Dokumentacja Turbomole
- Strona domowa pakietu TURBOMOLE
- Dokumentacja pakietu TURBOMOLE
- Forum użytkowników TURBOMOLE
TURBOMOLE: Modular program suite for ab initio quantum-chemical and condensed-matter simulations J. Chem. Phys. 152, 184107 (2020) https://doi.org/10.1063/5.0004635TURBOMOLE: Today and Tomorrow J. Chem. Theory Comput. 2023, 19, 20, 6859–6890 https://doi.org/10.1021/acs.jctc.3c00347
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostęp do superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze?
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadaniach i usługach
- Sub-skrypty Specjalnie przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje Lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia
module? - Uruchamianie zadań Jak uruchomić zadania w systemie kolejkowym SLURM?
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45