¶ TURBOMOLE
Komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Dostępne wersje
- turbomole/7.6
- turbomole/7.9
¶ Licencja
¶ Warunki licencji
Użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu w celach naukowych
- Wykorzystanie licencji w celach komercyjnych jest zabronione.
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM.
Przykładowa komenda do zlecenia zadania z plikiem wsadowym plik.inp:
sub-turbomole-7.6 jobex -n 4 -p 12 -m 150 -w 10
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-turbomole-7.6
sub-turbomole-7.9
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
sub-turbomole-7.6
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-turbomole program_name [jobex] [parameters]
Parameters:
-q queue (default - bem2-cpu)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)
Subskrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
Tworzymy plik myjob.sh
wstawiamy do kolejki komendą sbatch
sbatch myjob.sh
Przykładowe zadanie wsadowe. z plik.inp:
### Job name
#SBATCH --job-name=TURBOMOLE_SERIAL
### File / path where the output will be written, the %J is the job id
#SBATCH --output=TURBOMOLE_SERIAL.%J
### Request the time you need for execution. The full format is D-HH:MM:SS
### You must at least specify minutes or days and hours and may add or
### leave out any other parameters
#SBATCH --time=80
### Change to the work directory, if needed
#cd "$HOME/workdirectory"
### load modules and execute
module load TURBOMOLE/7.5.1
### start non-interactive batch job
jobex plik.inp
Uruchomienie sesji interaktywnej
sub-interactive
Sprawdzenie dostępnych wersji
W zadaniu interaktywnym wylistuj dostępne moduły ORCA poleceniem:
module avail -i turbomole
Ładowanie modułu
module load turbomole-7.9
Uruchomienie programu
jobex plik.inp
¶ Informacje o wykorzystaniu
Proszę zacytować użycie pakietu programu rozważanego numer wersji:
-
TURBOMOLE V7.8,rozwój Uniwersytetu w Karlsruhe i Forschungszentrum Karlssruhe GmbH, 1989-2007, TURBOMOLE GmbH, od 2007 roku; dostępny od https://www.turbomole.org -
Należy również wspomnieć artykuł przeglądowy: https://doi.org/10.1063/5.0004635
-
Publikacje naukowe wymagają odpowiedniego cytowania stosowanych metod i procedur. Nagłówki wyjściowe modułów TURBOMOLE zawierają odpowiednie papiery.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science Jeśli nie masz konta e-science zarejestruj się.
- Brak usługi Przetwórz na Superkomputerze Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej.
¶ Dokumentacja Turbomole
- Strona domowa pakietu TURBOMOLE
- Dokumentacja pakietu TURBOMOLE
- Forum użytkowników TURBOMOLE
- TURBOMOLE: Modular program suite for ab initio quantum-chemical and condensed-matter simulations J. Chem. Phys. 152, 184107 (2020) https://doi.org/10.1063/5.0004635
- TURBOMOLE: Today and Tomorrow J. Chem. Theory Comput. 2023, 19, 20, 6859–6890 https://doi.org/10.1021/acs.jctc.3c00347
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do Superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Subskrypty specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module
- Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45