¶ Natural Bond Orbitals
NBO analizuje wieloelektronową funkcję falową pod względem lokalizacji par elektronowych cząsteczki. Wykorzystuje rozkład gęstości elektronowej, w celu określenia najbardziej trafnej struktury Lewisa.
Program NBO oblicza:
- Naturalny orbital atomowy (NAOs)
- Naturalny orbital hybrydowy (NHOs)
- Naturalny orbital wiążący (NBOs)
- Naturalnie zlokalizowany orbital molekularny (NLMOs)
¶ Dostępne wersje
- nbo/6-intel-2022a
- nbo/6-intel-2022a-g16c01
- nbo/7-intel-2022a
- nbo/7-intel-2022a-g16c01
- nbo/7-intel-2022a-orca6.0.1
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Licencja
NBO jest licencjonowanym oprogramowaniem.
WCSS posiada licencję dla użytkowników Superkomputera.
¶ Sposób użycia
Przykład uruchomienia zadania interaktywnego:
srun --time=6:00:00 --pty bash
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load nbo/7-intel-2022a
Zadania obliczeniowe Gaussian należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM. Przykład uruchomienia zadania interaktywnego:
srun --time=6:00:00 --pty bash
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load nbo/7-intel-2022a-g16c01
Uruchomienie programu Gaussian:
g16 < input_file
Przykład uruchomienia zadania wsadowego programu ORCA przy pomocy skryptu sub-orca-6.0.1-nbo7:
orca-6.0.1-nbo7
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-orca-6.0.1-nbo7 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 6
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 30
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM
Nie ma dostepnych subskryptów.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science Jeśli nie masz konta e-science zarejestruj się.
- Brak usługi Przetwórz na Superkomputerze Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej.
¶ Dokumentacja NBO
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do Superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Subskrypty specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module
- Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45