jeden z najpopularniejszych programów do modelowania układów cząsteczkowych z wykorzystaniem mechaniki kwantowej. Stosowany jest przez chemików, fizyków i inżynierów w dziedzinie chemii teoretycznej i eksperymentalnej.
Program jest szczególnie przydatny w obszarach, w których szybko zachodzące zmiany i krótko trwające stany pośrednie układów uniemożliwiają obserwację eksperymentalną zachodzących w nich procesów. Gaussian umożliwia badanie układów na poziomie ab initio oraz na poziomie bardziej uproszczonym (np. półempirycznym).
Wymagania:
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
WCSS posiada licencję dla użytkowników Superkomputera.
Dostęp do programu jest przydzielany dla wszystkich użytkowników automatycznie, którzy mają dostęp do Usługi "Przetworz na Superkomputerze".
Przykładowa komenda do zlecenia zadania z plkiem input plik
:
sub-gaussian plik -c 12 -m 150 -t 8 -C "*.chk" --formchk
Komenda sub-gaussian
do zlecania zadań do systemu kolejkowego dla programu Gaussian16.
Sub-skrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
Ważne informacje:
sub-gaussian
to lem-cpu
$TMPDIR
. Dodatkowe pliki należy przekazywać za pomocą opcji --copy
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
sub-gaussian @ WCSS
You have to at least provide input file. Aborting...
Usage: sub-gaussian [OPTIONS] INPUT
Option Default Description
----------------------------------------------------------------------------------------
--debug Print sub script and exit. (requires input)
-C | --copy Copy additional files to TMPDIR.
Example: --copy="file.inp *.chk"
-B | --copy-back Copy specified files back from TMPDIR.
Example: --copy-back="myfile.cube *.wfn"
----------------------------------------------------------------------------------------
-p | --partition lem-cpu Set partition (queue).
-n | --nodes 1 Set number of nodes.
-c | --cores 8 Set number of cores
-m | --memory 100 In GB (must be integer value).
-t | --time 1 In hours.
| --gres E.g. 10GB tmpdir on /dev/shm would be:
--gres=storage:shm:10g
--mail none Possible options: BEGIN,END,FAIL,ALL.
Example: --mail BEGIN,END
----------------------------------------------------------------------------------------
--formchk Use 'formchk' command after calculations are finished.
pliki
.chk
generowane w TMPDIR nie będą automatycznie kopiowane doSLURM_SUBMIT_DIR
Aby plik chk
został skopiowany do katalogu roboczego w zadaniu należy obecnie użyć
-C "*.chk"
oraz aby jakiekolwiek pliki chk automatycznie się skopiowały do submit dira:
-B "*.chk"
Korzystanie z TMPDIR
domyślnego dla danej partycji:
Partition | TMPDIR domyślny |
---|---|
lem-cpu | lokalny TMPDIR,z domyślnym limitem na zajętość 200G (możliwy do zmiany za pomocą opcji --gres=storage:local:<QUOTA> ) |
bem2-cpu | współdzielony TMPDIR na Lustre TMP (bez ograniczeń na zajętość) |
Prosimy jednak o uważanie z automatycznym --copy-back
przy wielkich symulacjach.
W zadaniu interaktywnym wylistuj dostępne moduły Gaussian poleceniem:
module avail -i gaussian
Załadowanie modułu w powłoce:
module load gaussian/16.C.02
Zadanie wsadowe wstawia się do kolejki za pomocą polecenie sbatch
.
sbatch myjob.sh
Należy przygotować odpowiedni skrypt, który zawiera informacje na temat alokacji zasobów oraz wykonanywane programy.
Przykładowy skrypt myjob.sh
z plikiem input water.com
:
#!/bin/bash -l
#SBATCH --job-name=gaussian_example
#SBATCH -N1
#SBATCH -c10
#SBATCH --mem=10gb
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --output=gauss_slurm.%j.log
source /usr/local/sbin/modules.sh
# make the program and environment visible to this script
module load gaussian/16.C.02
# name of input file without extension
input=water.com
# create the temporary folder
export GAUSS_SCRDIR=$HOME/$USER/$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
echo $GAUSS_SCRDIR
# copy input file to temporary folder
cp $SLURM_SUBMIT_DIR/$input $GAUSS_SCRDIR
# run the program
cd $GAUSS_SCRDIR
g16 <$input > $input.out
# copy result files back to submit directory
cp $input.out $SLURM_SUBMIT_DIR
exit 0
water.com
( na końcu pliku konieczne są dwie linie PUSTE)
%chk=water
%mem=500MB
#p b3lyp/cc-pVDZ opt
structure optimization of water
0 1
O
H 1 0.96
H 1 0.96 2 109.471221
formchk
i cubegen
Jeśli istnieje potrzeba użycia narzędzi Gaussiana takich jak
formchk
,cubegen
, to należy to zrobić w zadaniu interaktywnym
sub-interactive
module load gaussian/16.C.02
formchk
--formchk
w sub-skryptachflaga --formchk
automatycznie utworzy plik fchk
na podstawie chk
.
Plik fchk będzie tworzony w katalogu z którego wysłano zadanie.
Skrypt wyszuka w pliku wejściowym to co znajduje się za %chk=
i utworzył na tej podstawie plik o tej samej nazwie z rozszerzeniem fchk.
plik chk
musi się znajdować w workdir przy tej operacji, czyli musi albo powstać w trakcie obliczeń lub musi zostać przekazany flagą --copy
.
Dodaliśmy informację do slurm.out
pod koniec zadania podającą pełną ścieżkę do plików z workdir , na przykład tak:
JOB END: Wed May 14 18:19:03 CEST 2025
Total job time: 00:00:07
WORKDIR_FILES = /lustre/tmp/slurm/finished_jobs/3656616
Aby mieć dostęp do tych plików należy skorzystać (dla partycji lem-cpu
) z komendy
sub-interactive -p lem-cpu
W ramach dostępu do licencji zaleca się umieszczanie w publikacjach, na plakatach itp. informacji o wykorzystanym oprogramowaniu według informacji na stronie Gaussiana
Gaussian 16, Revision C.01, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, X. Li, M. Caricato, A. V. Marenich, J. Bloino, B. G. Janesko, R. Gomperts, B. Mennucci, H. P. Hratchian, J. V. Ortiz, A. F. Izmaylov, J. L. Sonnenberg, D. Williams-Young, F. Ding, F. Lipparini, F. Egidi, J. Goings, B. Peng, A. Petrone, T. Henderson, D. Ranasinghe, V. G. Zakrzewski, J. Gao, N. Rega, G. Zheng, W. Liang, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, K. Throssell, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. J. Bearpark, J. J. Heyd, E. N. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. A. Keith, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. P. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, J. M. Millam, M. Klene, C. Adamo, R. Cammi, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, O. Farkas, J. B. Foresman, and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2016.
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45