¶ Gaussian
jeden z najpopularniejszych programów do modelowania układów cząsteczkowych z wykorzystaniem mechaniki kwantowej. Stosowany jest przez chemików, fizyków i inżynierów w dziedzinie chemii teoretycznej i eksperymentalnej.
Program jest szczególnie przydatny w obszarach, w których szybko zachodzące zmiany i krótko trwające stany pośrednie układów uniemożliwiają obserwację eksperymentalną zachodzących w nich procesów. Gaussian umożliwia badanie układów na poziomie ab initio oraz na poziomie bardziej uproszczonym (np. półempirycznym).
¶ Dostępne wersje
- gaussian/16.C.01-single_core
- gaussian/16.C.01
- gaussian/16.C.01
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Licencja
WCSS posiada licencję dla użytkowników Superkomputera.
¶ Sposób użycia
Przykładowa komenda do zlecenia zadania z plkiem input plik:
sub-gaussian-2016-C.01 plik -c 12 -m 150 -t 8
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-gaussian-2016-C.01
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
sub-gaussian-2016-C.01
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-gaussian-2016-C.01 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-r RESERVATION Set reservation. Default =
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 10 + 1 (gauss safety margin)
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 6
-f run formchk on the checkpoint file on the end
-d PATH input file directory, default -- current directory
--copy FILE1 FILE2 ... copy additional [checkpoint] files to working directory
Subskrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
¶ Narzędzia formchk i cubegen
Jeśli istnieje potrzeba użycia narzędzi Gaussiana takich jak
formchk,cubegen, to należy to zrobić w zadaniu interaktywnym
sub-interactive
module load gaussian/16.C.01
formchk
¶ Informacje o wykorzystaniu
W ramach dostępu do licencji zaleca się umieszczanie w publikacjach, na plakatach itp. informacji o wykorzystanym oprogramowaniu według informacji na stronie Gaussiana
Gaussian 16, Revision C.01, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, X. Li, M. Caricato, A. V. Marenich, J. Bloino, B. G. Janesko, R. Gomperts, B. Mennucci, H. P. Hratchian, J. V. Ortiz, A. F. Izmaylov, J. L. Sonnenberg, D. Williams-Young, F. Ding, F. Lipparini, F. Egidi, J. Goings, B. Peng, A. Petrone, T. Henderson, D. Ranasinghe, V. G. Zakrzewski, J. Gao, N. Rega, G. Zheng, W. Liang, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, K. Throssell, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. J. Bearpark, J. J. Heyd, E. N. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. A. Keith, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. P. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, J. M. Millam, M. Klene, C. Adamo, R. Cammi, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, O. Farkas, J. B. Foresman, and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2016.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
¶ Dokumentacja Gaussian
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science Jeśli nie masz konta e-science zarejestruj się.
- Brak usługi Przetwórz na Superkomputerze Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej.
¶ Gaussian - polecane publikacje
- Strona domowa pakietu Gaussian
- Książka Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, 3rd ed. 2015
- Krótki przewodnik dla początkujących
- Gaussian w praktyce
- Dr. Joaquin Barroso's blog
- Książka J. B. Foresman and Æ Frisch, Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do Superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Subskrypty specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module
- Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45