¶ CRYSTAL
program do przewidywania właściwości kryształów. Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock'a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR-MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT). CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów.
Główne cechy pakietu CRYSTAL:
- liczy widma wibracyjne,
- liczy strukturę elektronową,
- liczy właściwości magnetyczne,
- liczy właściwości dielektryczne.
¶ Dostępne wersje
- crystal/17_1.0.2-intel_2022a
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Licencja
Crystal jest licencjonowanym oprogramowaniem.
WCSS posiada licencję dla użytkowników Superkomputera.
¶ Sposób użycia
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-crystal-17_1.0.2
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
sub-crystal-17_1.0.2
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-crystal-17_1.0.2 [PARAMETERS] INPUT_FILE.d12 INPUT_FILE2.d3
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 8
-e exec Crystal17 execution mode, available options: runmpi17, runmpi_prop17 Default = runmpi17
Subskrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
¶ Dostępne wersje programu
W zadaniu interaktywnym wylistuj dostępne moduły Crystal poleceniem:
module avail -i crystal
¶ Ładowanie modułu
Załadowanie modułu w powłoce:
module load crystal/17_1.0.2-intel_2022a
Tworzymy plik job_crystal.sh
wstawiamy do kolejki komendą sbatch
sbatch job_crystal.sh
Przykładowe zadanie wsadowe.
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=demo
#SBATCH --partition=bem2-cpu
#SBATCH --ntasks-per-node=120
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --mem-per-cpu=4G
#SBATCH --time=7-0
source /usr/local/sbin/modules.sh
module purge
module load crystal/17_1.0.2-intel_2022a
# komenda uruchamiajaca: Pcrystal (parallel crystal) and Pproperties (parallel properties) MPPcrystal (massively parallel crystal)
Pcrystal run example
#example: name of the input-file without file extension "tio2.d12"
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science Jeśli nie masz konta e-science zarejestruj się.
- Brak usługi Przetwórz na Superkomputerze Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej.
¶ Dokumentacja Crystal
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do Superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Subskrypty specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module
- Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45