¶ ABINIT
ABINIT pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości DFT (ang. Density Functional Theory) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości TD-DFT (ang. Time-Dependent Density Functional Theory) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.
¶ Dostępne wersje na Bem2
abinit/8.10.3-intel-2020b
ABINIT/9.4.1-intel-2020b
ABINIT/9.6.2-intel-2022a
ABINIT/9.10.3-intel-2022a
¶ Licencja
Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL.
¶ Sposób użycia
¶ Zadanie wsadowe
Wsadowe zadanie obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM.
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load ABINIT/9.10.3-intel-2022a
Pakiet dostępny jest w katalogu:
/usr/local/easybuild/software/ABINIT/9.10.3-intel-2022a
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-abinit-9.4.1
sub-abinit-9.6.2
sub-abinit-9.10.3
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
sub-abinit-9.4.1
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-abinit-9.4.1 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - requires manual cleaning)
¶ Restartowanie obliczeń
Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[1]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[2]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [3]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.
¶ Zadanie interaktywne
Interaktywne zadanie obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM. Przykład uruchomienia zadania interaktywnego:
srun -I --time=6:00:00 --pty bash
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load ABINIT/9.10.3-intel-2022a
Narzędzia pakietu dostępne są w katalogu:
/usr/local/easybuild/software/ABINIT/9.10.3-intel-2022a/bin
Polecenie do uruchamiania programu głównego:
abinit input.abi > output.log
Dostępne narzędzia pakietu ABINIT:
abinit atdep dummy_tests lapackprof mrgdv optic
abitk band2eps fftprof lruj mrggkk testtransposer
aim conducti fold2Bloch macroave mrgscr vdw_kernelgen
anaddb cut3d ioprof mrgddb multibinit
¶ Informacje o wykorzystaniu
Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji na stronie pakietu.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum
Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and
Supercomputing (http://wcss.pl)"