¶ ABINIT
pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości DFT (ang. Density Functional Theory) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich.
ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych.
¶ Dostępne wersje
- abinit/8.10.3-intel-2020b
- ABINIT/10.2.5-GCC-13.3.0
- ABINIT/9.4.1-intel-2020b
- ABINIT/9.6.2-intel-2021a
- ABINIT/9.6.2-intel-2022a
- ABINIT/9.4.2-foss-2021a
- ABINIT/9.6.2-intel-2021b
- ABINIT/9.10.3-intel-2022a
- ABINIT/10.2.7-GCC-13.3.0
- ABINIT/10.2.5-GCC-14.2.0
¶
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Licencja
Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL.
¶ Sposób użycia
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-abinit-9.4.1
sub-abinit-9.6.2
sub-abinit-9.10.3
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
sub-abinit-9.4.1
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-abinit-9.4.1 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - requires manual cleaning)
Subskrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
Do uruchomienie programu w trybie interaktywnym należy:
¶ Uruchomienie sesji interaktywnej
user@ui ~> sub-interactive
Przykład uruchomienia zadania interaktywnego:
srun -I --time=6:00:00 --pty bash
¶ Sprawdzanie dostępnych modułów
module avail -i abinit
¶ Ładowanie odpowiedniego modułu
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load ABINIT/9.10.3-intel-2022a
Polecenie do uruchamiania programu głównego:
abinit input.abi > output.log
Tworzymy plik myjob.sh
wstawiamy do kolejki komendą sbatch
sbatch myjob.sh
Przykładowe zadanie wsadowe. z Plik input : tbase1_x.files
!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem=4gb
#SBATCH --time=01:00:00
# Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly
module load abinit
# Ustawiamy zmienna $TMPDIR
export TMPDIR=$HOME/$SLURM_JOB_ACCOUNT/scratch/$USER/$SLURM_JOB_ID
# Ustawiamy zmienne aplikacji
export SCR=${TMPDIR}
# Ustawiamy zmienne pomocnicze
INPUT_DIR="input"
INPUT_FILE="tbase1_x.files"
OUTPUT_DIR="output"
OUTPUT_FILE="OUTPUT"
# Tworzymy katalog tymczasowy
mkdir -p ${TMPDIR}
# Kopiujemy dane wejsciowe do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR
cp ${SLURM_SUBMIT_DIR}/${INPUT_DIR}/* ${TMPDIR}
# Przechodzimy do katalogu $TMPDIR
cd $TMPDIR
# Wykonujemy obliczenia
abinit < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}
# Stopka
cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------
End of calculations [$(date)].
-------------------------------------------------------------------------------
EOF
# Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR/output kopiujemy
# do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie.
mkdir $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}
cp -r $TMPDIR/* $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}/
# Czyscimy katalog roboczy
rm -rf $TMPDIR
¶ Dostępne narzędzia pakietu ABINIT:
abinit atdep dummy_tests lapackprof mrgdv optic
abitk band2eps fftprof lruj mrggkk testtransposer
aim conducti fold2Bloch macroave mrgscr vdw_kernelgen
anaddb cut3d ioprof mrgddb multibinit
¶ Restartowanie obliczeń
Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[1]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[2]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [3]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.
¶ Informacje o wykorzystaniu
Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń.
Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji na stronie pakietu.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science Jeśli nie masz konta e-science zarejestruj się.
- Brak usługi Przetwórz na Superkomputerze Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej.
¶ Dokumentacja ABINIT
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do Superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Subskrypty specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module
- Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl.