¶ ABINIT
Oprogramowanie ABINIT umożliwia wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł i ciał stałych o budowie periodycznej na podstawie teorii funkcjonału gęstości DFT (ang. Density Functional Theory) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich.
ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych.
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
¶ Licencja
Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL
¶ Sposób użycia
Polecenie do wstawiania zadań do systemu kolejkowego:
sub-abinit
sub-abinit-9.4.1
sub-abinit-10.2.5
sub-abinit-10.2.7
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów spowoduje wyświetlenie informacji o sposobie ich określenia:
sub-abinit-9.4.1
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-abinit-9.4.1 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - requires manual cleaning)
Sub-skrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
Do uruchomienie programu w trybie interaktywnym należy:
¶ Uruchomienie zadania interaktywnego
user@ui ~> sub-interactive
Przykład uruchomienia zadania interaktywnego:
srun -I --time=6:00:00 --pty bash
¶ Sprawdzanie dostępnych modułów
module avail -i abinit
¶ Ładowanie odpowiedniego modułu
Do prostego skonfigurowania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce odbywa się za pomocą polecenia:
module load ABINIT/10.2.5-intel-2023a
Polecenie do uruchamiania programu głównego:
abinit input.abi > output.log
- Tworzymy plik
myjob.sh - Wstawiamy do kolejki komendą
sbatch
sbatch myjob.sh
Przykładowe zadanie wsadowe z plikiem wejściowym tbase1_x.files, zawierającym:
t11.in
t11.out
t1xi
t1xo
t1x
Gdzie:
- pierwsza linia zawiera nazwę pliku wejściowego (
t11.in), - druga linia - nazwę pliku wyjściowego (
t11.out) - trzecia linia - prefiks pliku gęstości ładowania wejściowego (
t1xi), - czwarta linia - prefiks pliku gęstości ładowania wyjściowego (
t1xo), - piąta linia - nazwę pliku tymczasowego
tmp(t1x) - szósta linia i kolejne - pliki pseudopotencjalne.
!/bin/bash
#SBATCH --partition=bem2-cpu
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem=4gb
#SBATCH --time=01:00:00
source /usr/local/sbin/modules.sh
# Ładujemy odpowiedni modul
module load abinit
# Wykonujemy obliczenia
abinit < ${INPUT_FILE} < OUTPUT
¶ Dostępne narzędzia pakietu ABINIT
abinit atdep dummy_tests lapackprof mrgdv optic
abitk band2eps fftprof lruj mrggkk testtransposer
aim conducti fold2Bloch macroave mrgscr vdw_kernelgen
anaddb cut3d ioprof mrgddb multibinit
¶ Restartowanie obliczeń
Abinit umożliwia zapisywanie plików DEN, WFK itp., które pozwalają na restart obliczeń.
W tym celu używa się słów kluczowych - w przypadku plików DEN i WFK są to odpowiednio:prtden(PRinT the DENsity [1]) iprtwf(PRinT the WaveFunction [2]).
Dla obliczeń dynamiki molekularnej lub optymalizacji struktury można także zachować geometrię na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [3]).
Domyślnie ustawione są opcjeprtden=1iprtwf=1, co oznacza, że pliki DEN i WFK są zapisywane automatycznie.
¶ Informacje o wykorzystaniu
Autorzy pakietu ABINIT rekomendują zamieszczenie w publikacjach adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń.
Sugerowaną treść adnotacji można znaleźć w dokumentacji dostępnej na stronie pakietu.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS powinny zawierać podziękowania, sformułowane (odpowiednio do języka publikacji) zgodnie z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science.pl Jeśli nie masz konta e-science.pl - zarejestruj się
- Brak usługi "Przetwórz na Superkomputerze" Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej
¶ Dokumentacja ABINIT
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostęp do superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze?
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadaniach i usługach
- Sub-skrypty Specjalnie przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje Lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia
module? - Uruchamianie zadań Jak uruchomić zadania w systemie kolejkowym SLURM?
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl.