¶ VASP
Pakiet do wykonywania obliczeń mechaniki kwantowej ab initio przy użyciu pseudopotencjałów Vanderbilta lub metody fali rozszerzonej projektora i zestawu podstawy fali płaskiej. Podstawową metodologią jest teoria funkcjonału gęstości (DFT), ale kod pozwala również na użycie poprawek post-DFT, takich jak mieszanie funkcjonałów hybrydowych DFT i wymiana Hartree-Focka (np. HSE, PBE0 lub B3LYP), teoria perturbacji wielu ciał (metoda GW) oraz dynamiczne korelacje elektronowe w ramach aproksymacji fazy losowej (RPA) i MP2.
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
- akywna własna licencja
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
¶ Licencja
¶ Uzyskanie licencji i dostępu do programu
VASP jest dostępny wyłącznie dla posiadaczy własnej licencji. Użytkownik musi zgłosić chęć korzystania na adres kdm@wcss.pl, podając numer swojej licencji oraz adres e-mail, na którym jest licencja.
Dostęp jest przyznawany po pozytywnej weryfikacji.
VASP 6.5 dostępny jest wyłącznie dla użytkowników z aktywną licencją.
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM.
Przykładowa komenda do zlecenia zadania z plkiem wsadowym plik:
sub-vasp-6.4.0 plik -c 12 -m 150 -t 8
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-vasp-5.4.4`
sub-vasp-5.4.4-vtst`
sub-vasp-6.2.0`
sub-vasp-6.4.0`
sub-vasp-6.4.2`
sub-vasp-6.5.0
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów spowoduje wyświetlenie informacji o sposobie ich określenia:
sub-vasp-6.4.0
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-vasp-6.4.0 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
Sub-skrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
¶ Sprawdzenie dostępnych wersji
W zadaniu interaktywnym możesz wyświetlić dostępne moduły VASP poleceniem:
module avail -i vasp
¶ Ładowanie modułu
Aby załadować konkretną wersję modułu w powłoce, użyj:
module load VASP/6.4.2-intel2022a`
Plik VASP_input_file zawiera dane wejściowe do programu i uruchamiany jest poleceniem:
mpirun [ - np = number of processors] vasp_std
VASP to program napisany w języku Fortran, , którego plik wykonywalny nosi nazwę **vasp_std.**
Zaleca się uruchamianie go równolegle za pomocą mpirun dla efektywnego wykorzystania wielu procesorów.
Przykład uruchomienia z dwoma procesorami:
mpirun -np 2 vasp_std VASP_input_file
Aby uzyskać instrukcje i pomoc dotyczącą sterowania mpirun, wyświetl dostępne opcje poleceniem:
man mpirun
- Tworzymy plik
job_vasp.sh - Wstawiamy do kolejki komendą
sbatch
sbatch job_vasp.sh
Przykładowe zadanie wsadowe:
./job_vasp.sh
./CeO2job/INCAR
./CeO2job/KPOINTS
./CeO2job/POTCAR
./CeO2job/POSCAR
Plik job_vasp.sh:
#!/bin/bash -l
################### VASP Job Batch Script Example ###################
# SLURM-section
#SBATCH --job-name=vasp_runex
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=20
#SBATCH --time=02:00:00
##SBATCH --mem-per-cpu=1500MB
#SBATCH --output=vasp_runex.log
#SBATCH --partition=bem2-cpu
######################################
# Section for defining job variables and settings:
proj=CeO2job # Name of job folder
input=$(ls ${proj}/{INCAR,KPOINTS,POTCAR,POSCAR}) # Input files from job folder
# We load all the default program system settings with module load:
module --quiet purge
module load VASP/5.4.4-intel2021a
export VASP_WORKDIR=/global/work/$USER/$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $VASP_WORKDIR
# Preparing and moving inputfiles to tmp:
submitdir=$SLURM_SUBMIT_DIR
cp $input $VASP_WORKDIR
cd $VASP_WORKDIR
######################################
# Section for running the program
# Running the program:
time mpirun vasp_std
# Cleaning up and moving files back to home/submitdir
# ALWAYS clean up after yourself.
#rm -r $VASP_WORKDIR/*
################### Job Ended ###################
exit 0
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla autorów oprogramowania
W publikacjach naukowych, w których wykorzystano program VASP, należy odpowiednio zaznaczyć jego użycie. Przykład sformułowania podziękowania (dostosowany do języka publikacji):
Obliczenia wykonano z wykorzystaniem Vienna ab-initio simulation package VASP.X.x [1,2].
1 G. Kresse and J. Furthmüller, Phys. Rev. B 54, 11 169 (1996).
The calculations have been performed using the Vienna ab-initio simulation package VASP.X.x [1,2].
1 G. Kresse and J. Furthmüller, Phys. Rev. B 54, 11 169 (1996).
Jeżeli w obliczeniach wykorzystuje się potencjały PAW, należy odpowiednio odnieść się do następujących publikacji:
2 G. Kresse and D. Joubert, From ultrasoft pseudopotentials to the projector augmented-wave method, Phys. Rev. B 59, 1758 (1999).
W przypadku zastosowania specjalnych funkcji zaimplementowanych w VASP, należy przytoczyć odpowiednie publikacje wymienione w dokumentacji VASP.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science.pl Jeśli nie masz konta e-science.pl - zarejestruj się
- Brak usługi "Przetwórz na Superkomputerze" Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej
¶ Dokumentacja VASP
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostęp do superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze?
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadaniach i usługach
- Sub-skrypty Specjalnie przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje Lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia
module? - Uruchamianie zadań Jak uruchomić zadania w systemie kolejkowym SLURM?
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45