¶ VMD
VMD (ang. Visual Molecular Dynamics) to oprogramowanie do modelowania, wizualizacji i analizy układów biologicznych, takich jak białka, kwasy nukleinowe, zespoły dwuwarstw lipidowych itp.
VMD można używać do przeglądania standardowych plików Protein Data Bank (PDB). VMD zapewnia szeroką gamę metod renderowania i kolorowania cząsteczek: proste punkty i linie, kule i cylindry CPK, wiązania lukrecji, rurki i wstążki szkieletu, i inne. VMD można wykorzystać do animacji i analizy trajektorii symulacji dynamiki molekularnej (MD). W szczególności VMD może działać jako graficzny interfejs dla zewnętrznego programu MD, wyświetlając i animując cząsteczkę poddawaną symulacji na zdalnym komputerze.
Główne cechy VMD:
- Brak ograniczeń liczby cząsteczek, atomów, reszt lub liczby ramek trajektorii, z wyjątkiem dostępnej pamięci,
- Wiele metod renderowania molekularnego i kolorowania,
- Rozbudowana składnia wyboru atomów do wybierania podzbiorów atomów do wyświetlenia (w tym operatory logiczne, wyrażenia regularne i inne),
- Obsługa ponad 60 formatów plików molekularnych i typów danych poprzez obszerną bibliotekę wbudowanych wtyczek do odczytu/zapisywania plików.
¶ Dostępne wersje
- VMD/1.9.4a57-foss-2022a
- niedostępny
- niedostępny
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Licencja
Oprogramowanie można używać wyłącznie do celów badawczych o charakterze niekomercyjnym, patrz szczegółowy opis licencji.
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem OpenOnDemand aplikacji Xterm
¶ Interfejs graficzny na Platformie OpenOnDemand
W celu skorzystania z platformy Open Ondemand należy udać się na stronę https://ood.e-science.pl, a następnie zalogować za pomocą certyfikatu lub danych logowania do klastra.
Po zalogowaniu wybieramy ikonę VMD
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science Jeśli nie masz konta e-science zarejestruj się.
- Brak usługi Przetwórz na Superkomputerze Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej.
¶ Dokumentacja VMD
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do Superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Subskrypty specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module
- Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45