¶ VMD
VMD (ang. Visual Molecular Dynamics) to oprogramowanie przeznaczone do modelowania, wizualizacji i analizy układów biologicznych, takich jak białka, kwasy nukleinowe, zespoły dwuwarstw lipidowych i inne.
Program VMD umożliwia przeglądanie standardowych plików Protein Data Bank (PDB) oraz oferuje szeroki wybór metod renderowania i kolorowania cząsteczek - od prostych punktów i linii, przez kule i cylindry CPK, wiązania lukrecji, rurki i wstążki szkieletu,aż po inne zaawansowane formy wizualizacji.
VMD można wykorzystać zarówno do animacji, jak i analizy trajektorii symulacji dynamiki molekularnej (MD). Może także pełnić funkcję graficznego interfejsu dla zewnętrznego programu MD, wyświetlając i animując cząsteczkę poddawaną symulacji na zdalnym komputerze.
Główne cechy VMD:
- Brak ograniczeń co do liczby cząsteczek, atomów, reszt lub liczby ramek trajektorii - poza dostępną pamięcią RAM.
- Bogaty zestaw metod renderowania molekularnego i kolorowania.
- Rozbudowana składnia wyboru atomów, umożliwiająca selekcję podzbiorów z użyciem operatorów logicznych, wyrażeń regularnych i innych kryteriów.
- Obsługa ponad 60 formatów plików molekularnych i typów danych dzięki obszernej bibliotece wbudowanych wtyczek do odczytu i zapisywania.
¶ Dostępne wersje
- VMD/1.9.4a57-foss-2022a
- niedostępny
- niedostępny
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
¶ Licencja
Oprogramowanie może być wykorzystywane wyłącznie do celów badawczych o charakterze niekomercyjnym. Szczegółowe informacje znajdują się w opisie licencji
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem aplikacji Xterm w ramach platformy Open OnDemand.
¶ Interfejs graficzny na platformie Open OnDemand
W celu skorzystania z platformy Open Ondemand należy udać się na stronę https://ood.e-science.pl, a następnie zalogować się za pomocą certyfikatu lub danych logowania do superkomputera.
Po zalogowaniu wybieramy ikonę VMD
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science.pl Jeśli nie masz konta e-science.pl - zarejestruj się
- Brak usługi "Przetwórz na Superkomputerze" Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej
¶ Dokumentacja VMD
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostęp do superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze?
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadaniach i usługach
- Sub-skrypty Specjalnie przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje Lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia
module? - Uruchamianie zadań Jak uruchomić zadania w systemie kolejkowym SLURM?
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45