¶ VMD
VMD (ang. Visual Molecular Dynamics) to oprogramowanie do modelowania, wizualizacji i analizy układów biologicznych, takich jak białka, kwasy nukleinowe, zespoły dwuwarstw lipidowych itp.
VMD można używać do przeglądania standardowych plików Protein Data Bank (PDB). VMD zapewnia szeroką gamę metod renderowania i kolorowania cząsteczek: proste punkty i linie, kule i cylindry CPK, wiązania lukrecji, rurki i wstążki szkieletu, i inne. VMD można wykorzystać do animacji i analizy trajektorii symulacji dynamiki molekularnej (MD). W szczególności VMD może działać jako graficzny interfejs dla zewnętrznego programu MD, wyświetlając i animując cząsteczkę poddawaną symulacji na zdalnym komputerze.
Główne cechy VMD:
- Brak ograniczeń liczby cząsteczek, atomów, reszt lub liczby ramek trajektorii, z wyjątkiem dostępnej pamięci,
- Wiele metod renderowania molekularnego i kolorowania,
- Rozbudowana składnia wyboru atomów do wybierania podzbiorów atomów do wyświetlenia (w tym operatory logiczne, wyrażenia regularne i inne),
- Obsługa ponad 60 formatów plików molekularnych i typów danych poprzez obszerną bibliotekę wbudowanych wtyczek do odczytu/zapisywania plików.
¶ Dostępne wersje na Bem2
VMD/1.9.4a57-foss-2022a
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM. Przykład uruchomienia zadania interaktywnego z przekierowaniem wyświetlania:
srun -I --time=6:00:00 --x11 --pty bash
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load VMD/1.9.4a57-foss-2022a
Polecenie do uruchamiania programu głównego:
vmd
Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą skonfigurowanego programu NoMachine.
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum
Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and
Supercomputing (http://wcss.pl)"