VMD (ang. Visual Molecular Dynamics) to oprogramowanie do modelowania, wizualizacji i analizy układów biologicznych, takich jak białka, kwasy nukleinowe, zespoły dwuwarstw lipidowych itp.
VMD można używać do przeglądania standardowych plików Protein Data Bank (PDB). VMD zapewnia szeroką gamę metod renderowania i kolorowania cząsteczek: proste punkty i linie, kule i cylindry CPK, wiązania lukrecji, rurki i wstążki szkieletu, i inne. VMD można wykorzystać do animacji i analizy trajektorii symulacji dynamiki molekularnej (MD). W szczególności VMD może działać jako graficzny interfejs dla zewnętrznego programu MD, wyświetlając i animując cząsteczkę poddawaną symulacji na zdalnym komputerze.
Główne cechy VMD:
Wymagania:
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
Oprogramowanie można używać wyłącznie do celów badawczych o charakterze niekomercyjnym, patrz szczegółowy opis licencji.
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem OpenOnDemand aplikacji Xterm
W celu skorzystania z platformy Open Ondemand należy udać się na stronę https://ood.e-science.pl, a następnie zalogować za pomocą certyfikatu lub danych logowania do klastra.
Po zalogowaniu wybieramy ikonę VMD
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45