¶ R / RStudio
R to interpretowany język programowania oraz środowisko do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.
RStudio to zintegrowane środowisko programistyczne dla języka programowania R, z ograniczonym wsparciem dla innych języków programowania (w tym Python, bash i SQL). RStudio zapewnia potężne środowisko graficzne do importowania danych w wielu formatach (w tym CSV, arkusze kalkulacyjne Excel, SAS i SPSS);
RStudio Server to wersja klienta/serwera RStudio, która działa na zdalnym serwerze i jest dostępna za pośrednictwem przeglądarki internetowej klienta.
Użytkownicy Superkomputera mogą korzystać z R na jeden z następujących sposobów użycia opisanych poniżej w zależnosci od potrzeb.
¶ Dostępne wersje pakietu R
- R/4.1.0-foss-2021a
- R/4.2.1-foss-2022a
- R/4.4.1-gfbf-2023b
- niedostępny
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Licencja
WCSS posiada licencję dla użytkowników Superkomputera.
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM wykorzystując modułyi subskrypty
Dostępne wersje subskryptów:
sub-r-4.1.0
sub-r-4.2.1
Uruchomienie skryptu bez określania argumentów wyświetli informację o tym, jak określić parametry:
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-r FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = bem2-cpu
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
-o OTHER_PARAMETERS additional R parameters. If used must be the LAST option.
Sub- skrypty powinny być uruchamiane tylko w węźle dostępowym
ui.wcss.pl.
Aby użyć pakietu R w zadaniu interaktywnym lub wsadowym, musisz załadować odpowiedni moduł.
¶ Sprawdź dostępne wersje
Sprawdzić moduły można tylko podczas sesji interaktywnej, a nie na węźle dostepowym ui (po uruchomieniu zadania interaktywnego)
Lisa dostępnych modułów:
module avail -i R
¶ Załadowanie modułu
Aby załadować moduł wpisz:
module load R/4.2.1-foss-2022a
¶ Komenda uruchamiejąca R
wielka litera "R"
R
¶ Interfejs graficzny na Platformie OpenOnDemand
W celu skorzystania z platformy Open Ondemand nalezy udac się na strone https://ood.e-science.pl, a następnie zalogować za pomocą certyfikatu lub danych logowania do klastra.
Po zalogowaniu wybieramy ikonę Studio R server
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science Jeśli nie masz konta e-science zarejestruj się.
- Brak usługi Przetwórz na Superkomputerze Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej.
¶ Dokumentacja R i Studio R
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do Superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Subskrypty specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module
- Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45