¶ Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms
SIESTA to pakiet do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie bardzo dużych układów w rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące funkcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne.
¶ Dostępne wersje
- Siesta/4.1.5-foss-2020a
- siesta/5.2.1-GCC-13.3.0
- siesta/5.2.1-GCC-14.2.0
¶
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Licencja
Od 13 maja 2016 roku, wraz z ogłoszeniem wersji 4.0, SIESTA jest udostępniana na warunkach licencji open source GPL.
¶ Sposób użycia
¶ Sprawdzenie dostępnych wersji
W zadaniu interaktywnym wylistuj dostępne moduły poleceniem:
module avail -i siesta
¶ Ładowanie modułu
Załadowanie modułu w powłoce:
module load Siesta/4.1.5-foss-2020a
Polecenie do uruchamiania programu głównego:
siesta RUN.fdf > RUN.out`
TBC
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM
lub za pomoca subskryptów.
¶ Informacja o wykorzystaniu
Jak cytować autorów programu SIESTA
Artacho, E. , Sánchez‐Portal, D. , Ordejón, P. , García, A. and Soler, J. M. (1999), Linear‐Scaling ab‐initio Calculations for Large and Complex Systems. phys. stat. sol. (b), 215: 809-817. doi:10.1002/(SICI)1521-3951(199909)215:1<809::AID-PSSB809>3.0.CO;2-0
Emilio Artacho, E. Anglada, O. Diéguez, J. D. Gale, A. García, J. Junquera, R. M. Martin, P. Ordejón, J. M. Pruneda, D. Sánchez-Portal and J. M. Soler, The SIESTA method; developments and applicability. Journal of Physics: Condensed Matter, 20 (6), 064208, (2008), url: https://stacks.iop.org/0953-8984/20/i=6/a=064208
José M Soler, Emilio Artacho, Julian D Gale, Alberto García, Javier Junquera, Pablo Ordejón and Daniel Sánchez-Portal, Journal of Physics: Condensed Matter, 14 (11), (2002), url: https://iopscience.iop.org/article/10.1088/0953-8984/14/11/302
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science Jeśli nie masz konta e-science zarejestruj się.
- Brak usługi Przetwórz na Superkomputerze Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej.
¶ Dokumentacja SIESTA
- SIESTA strona domowa
- SIESTA dokumentacja
- The SIESTA method for ab initio order-N materials simulation, J. Phys.: Condens. Matter 14 2745 (2002) książka
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do Superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Subskrypty specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module
- Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45