¶ ORCA
Oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ab initio, DFT i półempiryczne SCF-MO.
¶ Dostępne wersje na Bem2
ORCA/4.2.1-gompi-2019b
ORCA/5.0.2-gompi-2021b
ORCA/5.0.3-gompi-2021b
ORCA/6.0.0-gompi-2023a-avx2
¶ Licencja
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.
Aby móc korzystać z programu Orca 4.1.1 lub 4.0.1 lub 4.0.0 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz treść licencji) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM.
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load ORCA/5.0.3-gompi-2021b
Pakiet dostępny jest w katalogu:
/usr/local/easybuild/software/ORCA/5.0.3-gompi-2021b
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-orca-4.2.1
sub-orca-5.0.2
sub-orca-5.0.3
sub-orca-6.0.0-avx2
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
sub-orca-5.0.3
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-orca-5.0.3 PARAMETERS FILE
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 6
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 30
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
Zmiany w skryptach sub-orca:
Podniesiowo domyślną wartość --mem z
20Gna30GPrzed wykonaniem zadania zmieniono zmienną środowiskową
$TMPDIRz domyślnej/lustre/tmp/slurm/$SLURM_JOB_IDna/dev/shm/$SLURM_JOB_ID. Zmiana ta powoduje że zadania muszą być jednowęzłowe! (tj. wartość-nmusi być równa1)
¶ Informacje o wykorzystaniu
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:
Neese, F.; "Software update: the ORCA program system, version 4.0" WIREs Comput Mol Sci 2017, e1327. doi: 10.1002/wcms.1327
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum
Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and
Supercomputing (http://wcss.pl)"