¶ ORCA
ORCA to pakiet oprogramowania chemicznego służący do obliczeń metodami ab initio, DFT oraz półempirycznymi SCF-MO.
¶ Dostępne wersje
- ORCA/6.0.1_avx2
- ORCA/4.2.1-gompi-2019b
- ORCA/5.0.3-gompi-2021b
- ORCA/6.0.0-gompi-2023a-avx2
- ORCA/5.0.2-gompi-2021b
- ORCA/5.0.4-gompi-2022a
- ORCA/6.0.0-foss-2023b-avx2
- ORCA/6.0.0-gompi-2023a-avx2
- ORCA/6.0.1-gompi-2023b-avx2
- ORCA/6.1.0-gompi-2023b-avx2
- ORCA/6.0.1_avx2
¶ Warunki dostępu
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
- uzyskana licencja na forum ORCA
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
¶ Licencja
¶ Warunki licencji
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z jej warunkami użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS wyłącznie w celach naukowych.
Wykorzystanie licencji w celach komercyjnych jest zabronione
¶ Uzyskanie licencji i dostępu do programu w WCSS
Aby korzystać z programu Orca w wersji 4.0 lub nowszej, należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej, zaakceptować warunki nowej licencji oraz przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.
¶ Sposób użycia
Przykładowa komenda uruchamiająca zadanie z plikiem wsadowym plik.inp:
sub-orca-6.0.0-avx2 plik.inp -c 12 -m 150 -t 8
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-orca-4.2.1
sub-orca-5.0.2
sub-orca-5.0.3
sub-orca-5.0.3-xtb-6.5.0
sub-orca-5.0.4
sub-orca-6.0.0-avx2
sub-orca-6.0.1-avx2
sub-orca-6.0.1-nbo7
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów spowoduje wyświetlenie informacji o sposobie ich określenia:
sub-orca-5.0.3
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-orca-5.0.3 PARAMETERS FILE
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 6
-m MEMORY In GB, up to 350 (must be integer value). Default = 30
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
Sub-skrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
- Tworzymy plik
myjob.sh - Wstawiamy do kolejki komendą
sbatch
sbatch myjob.sh
¶ Sprawdzenie dostępnych wersji
Sprawdzanie dostępnych modułów jest możliwe wyłącznie w trakcie sesji interaktywnej, po uruchomieniu zadania interaktywnego, a nie na węźle dostępowym
ui
W zadaniu interaktywnym można wyświetlić listę dostępnych modułów ORCA poleceniem:
module avail -i orca
¶ Ładowanie modułu
Aby załadować wybrany moduł w powłoce, należy użyć:
module load ORCA
¶ Definiowanie parametrów zadania
¶ Liczba węzłów
Zmienna środowiskowa
$TMPDIRzostała zmieniona z domyślnej wartości/lustre/tmp/slurm/$SLURM_JOB_IDna/dev/shm/$SLURM_JOB_ID.
W związku z tym zadania muszą być jednowęzłowe — parametr-npowinien mieć wartość1
¶ Pamięć RAM
Aby uniknąć błędów typu oom-killed lub podobnych, podczas zlecania zadania należy uwzględnić zapas pamięci RAM na pliki zapisywane w /dev/shm/.
Zaleca się przydzielić około 20% więcej pamięci niż wynika to z iloczynu nprocs * maxcore określonego w pliku wsadowym, tak aby program miał miejsce na zapisywanie plików w /dev/shm.
Przykład jednowęzłowego zadania:
sub-orca-6.0.0-avx2 plik.inp -c 48 -m 350 -t 4
plik.inp zawiera:
%PAL
nprocs 48
end
%maxcore 6000
zatem ORCA otrzymuje 48 * 6000MB = 288000MB na potrzeby programu. Ponieważ -m 350 zaalokowało 350000MB, na potrzeby TMPDIR zostało 62000MB.
W serwisie HPC info należy monitorować zużycie zasobów, w tym
/dev/shm
¶ Zmiany w skryptach sub-orca
- Podniesiono domyślną wartość
--memz20Gna30G - Zmieniono zmienną środowiskową
$TMPDIRz domyślnej/lustre/tmp/slurm/$SLURM_JOB_IDna/dev/shm/$SLURM_JOB_ID.
¶ Informacje o wykorzystaniu
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:
Neese, F.; "Software update: the ORCA program system, version 4.0" WIREs Comput Mol Sci 2017, e1327. doi: 10.1002/wcms.1327
W dokumentacji programu (manualu) podano także, które publikacje należy cytować przy korzystaniu z poszczególnych metod obliczeniowych.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science.pl Jeśli nie masz konta e-science.pl - zarejestruj się
- Brak usługi "Przetwórz na Superkomputerze" Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej
¶ Dokumentacja ORCA
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostęp do superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze?
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadaniach i usługach
- Sub-skrypty Specjalnie przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje Lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia
module? - Uruchamianie zadań Jak uruchomić zadania w systemie kolejkowym SLURM?
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45