¶ OpenBabel
Open Babel to zestaw narzędzi chemicznych zaprojektowany do obsługi wielu języków danych chemicznych. Jest to otwarty projekt oparty na współpracy, umożliwiający każdemu wyszukiwanie, konwertowanie, analizowanie i przechowywanie danych z zakresu modelowania molekularnego, chemii, materiałów półprzewodnikowych, biochemii lub dziedzin pokrewnych.
¶ Dostępne wersje
- OpenBabel/3.1.1-gompi-2021a
- niedostępny
- niedostępny
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
¶ Licencja
Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM wykorzystując moduły
¶ Uruchomienie sesji interaktywnej
user@ui ~> sub-interactive
Przykład uruchomienia zadania interaktywnego przy użyciu srun:
srun -I --time=6:00:00 --pty bash
¶ Ładowanie odpowiedniego modułu
Do łatwego ustawiania środowiska programowego służy mechanizm modułów. Aby załadować modułu w powłoce, należy użyć polecenia:
module load OpenBabel/3.1.1-gompi-2021a
¶ Informacje o wykorzystaniu
Aby wesprzeć rozwój Open Babel, prosimy o cytowanie odpowiednich publikacji.
Przykłady:
Hutchison et al. [obj 2011]
[obj.2011] Noel M. O’Boyle, Michael Banck, Craig A. James, Chris Morley, Tim Vandermeersch, Geoffrey R. Hutchison Open Babel: otwarta skrzynka narzędzi chemicznych. J. Cheminf. 2011, 3, 33. [Link]
Open Babel, wersja 2.3.2, http://openbabel.org (dostęp Oct 2012) jeden sposób na zacytowanie pakietu oprogramowania pod określonym adresem URL. Oczywiście należy podać numer wersji Open Babel, którego użyłeś, oraz datę pobrania oprogramowania lub zainstalowaną Open Babel.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science.pl Jeśli nie masz konta e-science.pl - zarejestruj się
- Brak usługi "Przetwórz na Superkomputerze" Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej
¶ Dokumentacja OpenBabel
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostęp do superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze?
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadaniach i usługach
- Sub-skrypty Specjalnie przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje Lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia
module? - Uruchamianie zadań Jak uruchomić zadania w systemie kolejkowym SLURM?
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl