Open Babel to zestaw narzędzi chemicznych zaprojektowany do obsługi wielu języków danych chemicznych. Jest to otwarty projekt oparty na współpracy, umożliwiający każdemu wyszukiwanie, konwertowanie, analizowanie i przechowywanie danych z zakresu modelowania molekularnego, chemii, materiałów półprzewodnikowych, biochemii lub dziedzin pokrewnych.
Wymagania:
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL.
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM wykorzystując moduły
user@ui ~> sub-interactive
Przykład uruchomienia zadania interaktywnego:
srun -I --time=6:00:00 --pty bash
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load OpenBabel/3.1.1-gompi-2021a
Aby wesprzeć rozwój Open Babel, proszę zacytować:
Hutchison et al. [obj 2011]
[obj.2011] Noel M. O’Boyle, Michael Banck, Craig A. James, Chris Morley, Tim Vandermeersch, Geoffrey R. Hutchison Open Babel: otwarta skrzynka narzędzi chemicznych. J. Cheminf. 2011, 3, 33. [Link]
Open Babel, wersja 2.3.2, http://openbabel.org (dostęp Oct 2012) jeden sposób na zacytowanie pakietu oprogramowania pod określonym adresem URL. Oczywiście należy podać numer wersji Open Babel, którego użyłeś, oraz datę pobrania oprogramowania lub zainstalowaną Open Babel.
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl.