¶ Northwest Computational Chemistry Package
NWChem to pakiet do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).
Oprogramowanie NWChem może obsługiwać:
- biomolekuły, nanostruktury i ciało stałe,
- od kwantowego po klasyczny i wszystkie kombinacje,
- stany podstawowe i wzbudzone,
- funkcje falowe Gaussa lub fale płaskie,
- skalowanie od jednego do tysięcy procesorów,
- właściwości i efekty relatywistyczne.
¶ Dostępne wersje
- NWChem/7.0.2-intel-2019b-Python-3.7.4
- NWChem/7.2.2-intel-2023a
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
¶ Licencja
NWChem to otwartoźródłowy pakiet do chemii obliczeniowej, dystrybuowany na warunkach Educational Community License (ECL) 2.0 Treść licencji
¶ Sposób użycia
Dostępne wersje sub-skryptów:
sub-nwchem-7.0.2
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów spowoduje wyświetlenie informacji o sposobie ich określenia:
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-nwchem-7.0.2 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = bem2-cpu
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
Sub-skrypty powinny być uruchamiane tylko na węźle dostępowym
ui.wcss.pl.
Aby użyć NWChem w zadaniu interaktywnym, musisz załadować odpowiedni moduł.
¶ Sprawdź dostępne wersje
Moduły można sprawdzić tylko podczas sesji interaktywnej, a nie na węźle dostępowym ui (dopiero po uruchomieniu zadania interaktywnego)
Lista dostępnych modułów:
module avail -i NWchem
¶ Załadowanie modułu
Aby załadować moduł wpisz:
module NWChem/7.0.2-intel-2019b-Python-3.7.4
Zadanie wsadowe wstawia się do kolejki za pomocą polecenia sbatch.
sbatch myjob.sh
Należy przygotować odpowiedni skrypt, który zawiera informacje na temat alokacji zasobów oraz wykonywanych programów.
Przykładowy skrypt myjob.shz plikiem input input.nw:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=nwchem_test
#SBATCH --partition=bem2-cpu
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=48
#SBATCH --mem-per-cpu=3500M
#SBATCH --output=nwchem_test-%j.out
#SBATCH --error=nwchem_test-%j.err
## Load Modules
source /usr/local/sbin/modules.sh
module load openmpi4
module load NWChem/7.0.2-intel-2019b-Python-3.7.4
## Execute
nwchem input.nw > nwchem_test-${SLURM_JOB_ID}.log
input.nw
echo
start w6cage_ri-mp2_aug-cc-pvdz_energy
memory stack 2000 mb heap 100 mb global 2000 mb noverify
geometry units angstrom
O .87746626 1.70810837 .47631700
H 1.69363812 1.19357153 .28997545
H 1.16537360 2.60804843 .65262299
O -.81592121 .61034772 -1.61581462
H -.26718594 1.17109579 -1.04349788
H -.36582905 -.24649881 -1.56526881
O -.63660726 -.48685974 1.61880639
H -.19581869 .37060555 1.51121727
H -1.53977900 -.32481815 1.28377278
O .57958746 -1.69528831 -.42798860
H .43229451 -2.64323542 -.48817257
H .09134000 -1.38625895 .38012967
O 2.79390774 -.10315373 -.17926594
H 3.44976591 -.44577598 .43415635
H 2.14838286 -.82929443 -.30024187
O -2.88225438 -.06267425 .06008357
H -2.28540757 .26575834 -.64623972
H -3.65812342 .50275705 .03758316
end
basis "ao basis" spherical noprint
* library aug-cc-pvdz
end
basis "ri-mp2 basis" spherical noprint
* library cc-pvdz-ri
* library aug-cc-pvdz-ri_diffuse
end
scf
semidirect memsize 200000000 filesize 0
singlet
rhf
thresh 1e-7
maxiter 100
noprint "final vectors analysis" "final vector symmetries"
end
mp2
freeze atomic
scratchdisk 8192
end
task rimp2 energy
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla autorów oprogramowania
Publikując wyniki uzyskane przy pomocy NWChem, należy podać następujące źródło:
M. Valiev, E.J. Bylaska, N. Govind, K. Kowalski, T.P. Straatsma, H.J.J. van Dam, D. Wang, J. Nieplocha, E. Apra, T.L. Windus, W.A. de Jong, "NWChem: a comprehensive and scalable open-source solution for large scale molecular simulations" Comput. Phys. Commun. 181, 1477 (2010)
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science.pl Jeśli nie masz konta e-science.pl zarejestruj się
- Brak usługi "Przetwórz na Superkomputerze" Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej
¶ Dokumentacja programu
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostęp do superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze?
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Sub-skrypty Specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje Lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module?
- Uruchamianie zadań Jak uruchamiać zadania w systemie kolejkowym SLURM?
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub telefonicznie pod numerem 71 320 47 45