NWChem to pakiet do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).
Oprogramowanie NWChem może obsługiwać:
Wymagania:
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
NWChem to otwartoźródłowy pakiet do chemii obliczeniowej, dystrybuowany na warunkach Educational Community License (ECL) 2.0 Treść licencji
Dostępne wersje sub-skryptów:
sub-nwchem-7.0.2
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów spowoduje wyświetlenie informacji o sposobie ich określenia:
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-nwchem-7.0.2 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = bem2-cpu
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
Sub-skrypty powinny być uruchamiane tylko na węźle dostępowym
ui.wcss.pl
.
Aby użyć NWChem w zadaniu interaktywnym, musisz załadować odpowiedni moduł.
Moduły można sprawdzić tylko podczas sesji interaktywnej, a nie na węźle dostępowym ui (dopiero po uruchomieniu zadania interaktywnego)
Lista dostępnych modułów:
module avail -i NWchem
Aby załadować moduł wpisz:
module NWChem/7.0.2-intel-2019b-Python-3.7.4
Zadanie wsadowe wstawia się do kolejki za pomocą polecenia sbatch
.
sbatch myjob.sh
Należy przygotować odpowiedni skrypt, który zawiera informacje na temat alokacji zasobów oraz wykonywanych programów.
Przykładowy skrypt myjob.sh
z plikiem input input.nw
:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=nwchem_test
#SBATCH --partition=bem2-cpu
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=48
#SBATCH --mem-per-cpu=3500M
#SBATCH --output=nwchem_test-%j.out
#SBATCH --error=nwchem_test-%j.err
## Load Modules
source /usr/local/sbin/modules.sh
module load openmpi4
module load NWChem/7.0.2-intel-2019b-Python-3.7.4
## Execute
nwchem input.nw > nwchem_test-${SLURM_JOB_ID}.log
input.nw
echo
start w6cage_ri-mp2_aug-cc-pvdz_energy
memory stack 2000 mb heap 100 mb global 2000 mb noverify
geometry units angstrom
O .87746626 1.70810837 .47631700
H 1.69363812 1.19357153 .28997545
H 1.16537360 2.60804843 .65262299
O -.81592121 .61034772 -1.61581462
H -.26718594 1.17109579 -1.04349788
H -.36582905 -.24649881 -1.56526881
O -.63660726 -.48685974 1.61880639
H -.19581869 .37060555 1.51121727
H -1.53977900 -.32481815 1.28377278
O .57958746 -1.69528831 -.42798860
H .43229451 -2.64323542 -.48817257
H .09134000 -1.38625895 .38012967
O 2.79390774 -.10315373 -.17926594
H 3.44976591 -.44577598 .43415635
H 2.14838286 -.82929443 -.30024187
O -2.88225438 -.06267425 .06008357
H -2.28540757 .26575834 -.64623972
H -3.65812342 .50275705 .03758316
end
basis "ao basis" spherical noprint
* library aug-cc-pvdz
end
basis "ri-mp2 basis" spherical noprint
* library cc-pvdz-ri
* library aug-cc-pvdz-ri_diffuse
end
scf
semidirect memsize 200000000 filesize 0
singlet
rhf
thresh 1e-7
maxiter 100
noprint "final vectors analysis" "final vector symmetries"
end
mp2
freeze atomic
scratchdisk 8192
end
task rimp2 energy
Publikując wyniki uzyskane przy pomocy NWChem, należy podać następujące źródło:
M. Valiev, E.J. Bylaska, N. Govind, K. Kowalski, T.P. Straatsma, H.J.J. van Dam, D. Wang, J. Nieplocha, E. Apra, T.L. Windus, W.A. de Jong, "NWChem: a comprehensive and scalable open-source solution for large scale molecular simulations" Comput. Phys. Commun. 181, 1477 (2010)
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub telefonicznie pod numerem 71 320 47 45