¶ Molpro
Molpro Quantum Chemistry Software, lepiej znany jako Molpro jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.
Główne cechy Molpro:
- pełny zakres metod ab initio,
- moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset,
- obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji,
- możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne,
- przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.).
Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90.
¶ Dostępne wersje na Bem2
molpro/2022.2.3
molpro/2023.2.0
molpro/2024.1.1
¶ Licencja
Licencjonowaniem Molpro zajmuje się TTI GmbH (Nobelstraße 15, D-70569 Stuttgart). WCSS posiada licencję roczną dla swoich użytkowników na klastrze bem2.
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM.
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load molpro/2024.1.1
Pakiet dostępny jest w katalogu:
/opt/molpro/2024.1.1
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-molpro-2024.1.1
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
molpro-2024.1.1
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-molpro-2024.1.1 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla autorów oprogramowania
W przyszłych publikacjach prac wykonanych z wykorzystaniem Molpro użycie oprogramowania powinno zostać zaznaczone, przykład:
H.-J. Werner, P. J. Knowles, G. Knizia, F. R. Manby and M. Schütz, WIREs Comput Mol Sci 2, 242-253 (2012), doi:10.1002/wcms.82
Hans-Joachim Werner, Peter J. Knowles, Frederick R. Manby, Joshua A. Black, Klaus Doll, Andreas Heßelmann, Daniel Kats, Andreas Köhn, Tatiana Korona, David A. Kreplin, Qianli Ma, Thomas F. Miller, III, Alexander Mitrushchenkov, Kirk A. Peterson, Iakov Polyak, Guntram Rauhut, and Marat Sibaev J. Chem. Phys. 152, 144107 (2020). doi:10.1063/5.0005081
W przypadku zastosowania specjalnych funkcji zaimplementowanych w Molpro należy przytoczyć odpowiednie publikacje wymienione w dokumentacji Molpro.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum
Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and
Supercomputing (http://wcss.pl)"