¶ Molpro Quantum Chemistry Software
Molpro to kompleksowy pakiet do obliczeń z zakresu chemii kwantowej, oferujący zarówno podstawowe, jak i zaawansowane metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Autorami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych badaczy, którzy wnieśli istotny wkład w jego rozwój. Program został napisany głównie w języku Fortran90.
¶ Warunki dostępu
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
¶ Licencja
Licencjonowaniem Molpro zajmuje się TTI GmbH (Nobelstraße 15, D-70569 Stuttgart).
WCSS posiada licencję dla wszystkich swoich użytkowników.
¶ Sposób użycia
Zaleca się zlecanie zadań jednowęzłowych ze względu na brak implementacji większości funkcjonalności pakietu w trybie obliczeń wielowęzłowych.
Przykłady typów zadań przeznaczonych do obliczeń na wielu węzłach toDF-HFiDF-MP2.
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-molpro (Wersja 2025.2, partycja lem-cpu)
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów spowoduje wyświetlenie informacji o sposobie ich określenia:
Usage: sub-molpro [OPTIONS] INPUT
Option Default Description
----------------------------------------------------------------------------------------
--debug Print sub script and exit. (requires input)
-C | --copy Copy additional files to TMPDIR.
Example: --copy="file.inp *.chk"
-B | --copy-back Copy specified files back from TMPDIR.
Example: --copy-back="myfile.cube *.wfn"
----------------------------------------------------------------------------------------
-p | --partition lem-cpu Set partition (queue).
-n | --nodes 1 Set number of nodes.
-c | --cores 8 Set number of cores
-m | --memory 100 In GB (must be integer value).
-t | --time 1 In hours.
| --gres E.g. 10GB tmpdir on /dev/shm would be:
--gres=storage:shm:10g
--mail none Possible options: BEGIN,END,FAIL,ALL.
Example: --mail BEGIN,END
----------------------------------------------------------------------------------------
Przykładowa komenda do zlecenia zadania z plikiem plik.inp:
sub-molpro -p lem-cpu -n 1 -c 12 -m 150 -t 8 plik.inp
Sub-skrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
Do uruchomienie programu w trybie interaktywnym należy:
¶ Uruchomienie sesji interaktywnej
user@ui ~> sub-interactive
¶ Sprawdzanie dostepnych modułów
module avail -i molpro
¶ Ładowanie odpowiedniego modułu
module load molpro/2025.2.0
¶ Wywołanie polecenia Molpro
molpro plik_wejściowy > plik_wyjściowy
- Tworzymy plik
myjob.sh - Wstawiamy do kolejki komendą
sbatch
sbatch myjob.sh
Przykładowe zadanie wsadowe z plikiem wejściowym my_input.inp, zawierającym:
#!/bin/bash
#SBATCH -p lem-cpu
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --mem=65GB
#SBATCH --export=SCR=${TMPDIR}
#SBATCH --gres=storage:shm:1g
#SBATCH -J molpro2025
#SBATCH -t 1:00:00
source /usr/local/sbin/modules.sh
ulimit -l unlimited
module load molpro/2025.2.0
cd $SLURM_SUBMIT_DIR
# memory should be given in mwords per task
# for the above settings: 64 GB / 8 cores / 8 = 1g = 1000m
molpro -D ${TMPDIR} -m 1000m --ga-impl disk -N $(mk_node_list.sh) my_input.inp
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla autorów oprogramowania
W publikacjach powstałych z wykorzystaniem Molpro należy odnotować użycie tego oprogramowania.
Przykłady cytowań:
H.-J. Werner, P. J. Knowles, G. Knizia, F. R. Manby and M. Schütz, WIREs Comput Mol Sci 2, 242-253 (2012), doi:10.1002/wcms.82
Hans-Joachim Werner, Peter J. Knowles, Frederick R. Manby, Joshua A. Black, Klaus Doll, Andreas Heßelmann, Daniel Kats, Andreas Köhn, Tatiana Korona, David A. Kreplin, Qianli Ma, Thomas F. Miller, III, Alexander Mitrushchenkov, Kirk A. Peterson, Iakov Polyak, Guntram Rauhut, and Marat Sibaev J. Chem. Phys. 152, 144107 (2020). doi:10.1063/5.0005081
W przypadku korzystania ze specjalnych funkcji zaimplementowanych w Molpro należy dodatkowo przytoczyć odpowiednie publikacje wskazane w dokumentacji oprogramowania.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science.pl Jeśli nie masz konta e-science.pl - zarejestruj się
- Brak usługi "Przetwórz na Superkomputerze" Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej
¶ Dokumentacja programu
- Strona domowa pakietu Molpro
- Dokumentacja pakietu Molpro
- Tutorial pakietu Molpro
- Forum użytkowników pakietu Molpro
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostęp do superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze?
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadaniach i usługach
- Sub-skrypty Specjalnie przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje Lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia
module? - Uruchamianie zadań Jak uruchomić zadania w systemie kolejkowym SLURM?
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl