¶ Molpro Quantum Chemistry Software
Molpro jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju. Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90.
¶ Warunki dostępu
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Licencja
Licencjonowaniem Molpro zajmuje się TTI GmbH (Nobelstraße 15, D-70569 Stuttgart).
WCSS posiada licencję dla wszystkich swoich użytkowników.
¶ Sposób użycia
Rekomendowane jest zlecanie zadań jednowęzłowych ze względu na brak implementacji większości funkcjonalności pakietu w trybie obliczeń wielowęzłowych.
Przykłady typów zadań dla obliczeń na wielu węzłach toDF-HFiDF-MP2.
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-molpro (Wersja 2025.2, partycja lem-cpu)
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
Usage: sub-molpro [OPTIONS] INPUT
Option Default Description
----------------------------------------------------------------------------------------
--debug Print sub script and exit. (requires input)
-C | --copy Copy additional files to TMPDIR.
Example: --copy="file.inp *.chk"
-B | --copy-back Copy specified files back from TMPDIR.
Example: --copy-back="myfile.cube *.wfn"
----------------------------------------------------------------------------------------
-p | --partition lem-cpu Set partition (queue).
-n | --nodes 1 Set number of nodes.
-c | --cores 8 Set number of cores
-m | --memory 100 In GB (must be integer value).
-t | --time 1 In hours.
| --gres E.g. 10GB tmpdir on /dev/shm would be:
--gres=storage:shm:10g
--mail none Possible options: BEGIN,END,FAIL,ALL.
Example: --mail BEGIN,END
----------------------------------------------------------------------------------------
Przykładowa komenda do zlecenia zadania z plikiem plik.inp:
sub-molpro -p lem-cpu -n 1 -c 12 -m 150 -t 8 plik.inp
Subskrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
Do uruchomienie programu w trybie interaktywnym należy:
¶ Uruchomienie sesji interaktywnej
user@ui ~> sub-interactive
¶ Sprawdzanie dostepnych modułów
module avail -i molpro
¶ Ładowanie odpowiedniego modułu
module load molpro/2025.2.0
¶ Wywołanie polecenie molpro
molpro plik_wejściowy > plik_wyjściowy
Tworzymy plik myjob.sh
wstawiamy do kolejki komendą sbatch
sbatch myjob.sh
Przykładowe zadanie wsadowe. z Plik input : my_input.inp
#!/bin/bash
#SBATCH -p lem-cpu
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --mem=65GB
#SBATCH --export=SCR=${TMPDIR}
#SBATCH --gres=storage:shm:1g
#SBATCH -J molpro2025
#SBATCH -t 1:00:00
source /usr/local/sbin/modules.sh
ulimit -l unlimited
module load molpro/2025.2.0
cd $SLURM_SUBMIT_DIR
# memory should be given in mwords per task
# for the above settings: 64 GB / 8 cores / 8 = 1g = 1000m
molpro -D ${TMPDIR} -m 1000m --ga-impl disk -N $(mk_node_list.sh) my_input.inp
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla autorów oprogramowania
W przyszłych publikacjach prac wykonanych z wykorzystaniem Molpro użycie oprogramowania powinno zostać zaznaczone, przykład:
H.-J. Werner, P. J. Knowles, G. Knizia, F. R. Manby and M. Schütz, WIREs Comput Mol Sci 2, 242-253 (2012), doi:10.1002/wcms.82
Hans-Joachim Werner, Peter J. Knowles, Frederick R. Manby, Joshua A. Black, Klaus Doll, Andreas Heßelmann, Daniel Kats, Andreas Köhn, Tatiana Korona, David A. Kreplin, Qianli Ma, Thomas F. Miller, III, Alexander Mitrushchenkov, Kirk A. Peterson, Iakov Polyak, Guntram Rauhut, and Marat Sibaev J. Chem. Phys. 152, 144107 (2020). doi:10.1063/5.0005081
W przypadku zastosowania specjalnych funkcji zaimplementowanych w Molpro należy przytoczyć odpowiednie publikacje wymienione w dokumentacji Molpro.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science Jeśli nie masz konta e-science zarejestruj się.
- Brak usługi Przetwórz na Superkomputerze Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej.
¶ Dokumentacja programu
- Strona domowa pakietu Molpro
- Dokumentacja pakietu Molpro
- Tutorial pakietu Molpro
- Forum użytkowników pakietu Molpro
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do Superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Subskrypty specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module
- Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl.