¶ Molden
Molden jest programem przeznaczonym do przygotowywania struktur badanych związków i analizy wyników uzyskanych za pomocą takich pakietów jak: Gaussian, GAMESS UK, GAMESS US, Molpro, Molcas, ADF, Dalton, Mopac/Ampac. Oprogramowanie to umożliwia wyświetlanie struktury związków, drogi optymalizacji, orbitali molekularnych, gęstości elektronowej, potencjału elektrostatycznego (ESP), momentu dipolowego, ładunków Mullikena, ścieżek reakcji chemicznych (IRC) oraz wizualizację drgań cząsteczki. Dużą zaletą programu jest rozbudowany edytor Z-macierzy, który umożliwia budowanie molekuły od podstaw, a także korzystanie z bibliotek struktur. Za pomocą programu można również tworzyć różnego rodzaju instrukcje graficzne, np.: PostScript, X-Window, VRML, PovRay, OpenGL.
Główne cechy Molden:
- Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro,
- Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej,
- Animacja ścieżki reakcji,
- Zaawansowany edytor Z-Matrix.
¶ Dostępne wersje na Bem2
Molden/6.8-GCCcore-10.2.0
Molden/7.1-GCCcore-10.2.0
Molden/7.3-GCCcore-12.3.0
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM. Przykład uruchomienia zadania interaktywnego z przekierowanie wyświetlania:
srun --time=6:00:00 --x11 --pty bash
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load Molden/7.3-GCCcore-12.3.0
Polecenie do uruchamiania programu głównego:
molden
Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą skonfigurowanego programu NoMachine.
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum
Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and
Supercomputing (http://wcss.pl)"