¶ MOLDEN a pre- and post processing program of molecular and electronic structure
Molden jest programem przeznaczonym do przygotowywania struktur badanych związków i analizy wyników uzyskanych za pomocą takich pakietów jak: Gaussian, GAMESS UK, GAMESS US, Molpro, Molcas, ADF, Dalton, Mopac/Ampac.
Oprogramowanie to umożliwia wyświetlanie struktury związków, drogi optymalizacji, orbitali molekularnych, gęstości elektronowej, potencjału elektrostatycznego (ESP), momentu dipolowego, ładunków Mullikena, ścieżek reakcji chemicznych (IRC) oraz wizualizację drgań cząsteczki. Dużą zaletą programu jest rozbudowany edytor Z-macierzy, który umożliwia budowanie molekuły od podstaw, a także korzystanie z bibliotek struktur.
Za pomocą programu można również tworzyć różnego rodzaju instrukcje graficzne, np.:
PostScript, X-Window, VRML, PovRay, OpenGL.
Główne cechy Molden:
- Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro,
- Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej,
- Animacja ścieżki reakcji,
- Zaawansowany edytor Z-Matrix.
¶ Dostępne wersje
- Molden/6.8-GCCcore-10.2.0
- Molden/7.1-GCCcore-10.2.0
- Molden/7.3-GCCcore-12.3.0
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Licencja
WCSS posiada licencję dla użytkowników Superkomputera.
Oprogramowanie można używać wyłącznie do celów badań niekomercyjnych.Szczegółowy opis licencji
¶ Sposób użycia
¶ Interfejs graficzny na Platformie OpenOnDemand
W celu skorzystania z platformy Open Ondemand nalezy udac się na strone https://ood.e-science.pl, a następnie zalogować za pomocą certyfikatu lub danych logowania do klastra.
Po zalogowaniu wybieramy ikonę Molden
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science Jeśli nie masz konta e-science zarejestruj się.
- Brak usługi Przetwórz na Superkomputerze Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej.
¶ Dokumentacja Molden
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do Superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Subskrypty specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module
- Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45