¶ GROningen MAchine for Chemical Simulations
Gromacs (ang. GROningen MAchine for Chemical Simulations) to pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy), ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.
¶ Dostępne wersje
- GROMACS/2018.3-foss-2018b
- GROMACS/2021-foss-2020b
- GROMACS/2021.2-fosscuda-2020b
- GROMACS/2023.3-foss-2023a
- GROMACS/2023.1-foss-2022a
- GROMACS/2024.1-foss-2023b
- GROMACS/2023.1-foss-2022a
¶
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Sposób użycia
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-gromacs-2021
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
sub-gromacs-2021
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-gromacs-2021 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
-a "file1 file2 ..." list of files to be added to the working directory
--cpf check_point_file used as mdrun -cpi parameter, is copied to the working directory
Subskrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
Do uruchomienie programu w trybie interaktywnym należy:
¶ Uruchomienie sesji interaktywnej
user@ui ~> sub-interactive
Przykład uruchomienia zadania interaktywnego poleceniem srun;
srun -I --time=6:00:00 --pty bash
¶ Sprawdzanie dostępnych modułów
module avail -i gromacs
¶ Ładowanie odpowiedniego modułu
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load GROMACS/2021.2-fosscuda-2020b
Tworzymy plik myjob.sh
wstawiamy do kolejki komendą sbatch
sbatch myjob.sh
Przykładowe zadanie wsadowe:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=70
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --partition=lem-gpu
module load GROMACS/2021.2-fosscuda-2020b
srun gmx mdrun -deffnm md_1ns -v
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science Jeśli nie masz konta e-science zarejestruj się.
- Brak usługi Przetwórz na Superkomputerze Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej.
¶ Dokumentacja GROMACS
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do Superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Subskrypty specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module
- Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl.