Gromacs (ang. GROningen MAchine for Chemical Simulations) to pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy), ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.
GROMACS/2018.3-foss-2018b
GROMACS/2021-foss-2020b
GROMACS/2021.2-fosscuda-2020b
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM. Przykład uruchomienia zadania interaktywnego:
srun --time=6:00:00 --pty bash
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load GROMACS/2021.2-fosscuda-2020b
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-gromacs-2021
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
sub-gromacs-2021
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-gromacs-2021 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
-a "file1 file2 ..." list of files to be added to the working directory
--cpf check_point_file used as mdrun -cpi parameter, is copied to the working directory
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum
Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and
Supercomputing (http://wcss.pl)"