¶ Car-Parrinello Molecular Dynamics
CPMD to pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Od 2022 IBM udostępniło pakiet na licecji MIT.
Główne cechy pakietu CPMD:
- Praca z pseudopotencjałami norm-conserving oraz ultrasoft,
- przybliżenia LDA, LSD i GGA, energia swobodna,
- układy periodyczne i aperiodyczne, k-points,
- symetria punktowa i przestrzenna,
- optymalizacja funkcji falowej (bezpośrednia, diagonalizacja, ...),
- dynamika molekularna zespołów mikrokanonicznego (NVE), kanonicznego (NVT) oraz izotermiczno-izobarycznego (NPT),
- dynamika molekularna typu path intagral,
- response functions,
- stany wzbudzone,
- własności elektronowe.
¶ Dostępne wersje
cpmd/4.3
CPMD/4.3-intel-2023a
CPMD-4.3-foss-2022a
CPMD/4.3-GCC-13.3.0
CPMD/4.3-GCC-14.2.0
CPMD/4.3-foss-2022a
CPMD/4.3-GCC-14.2.0
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj.
¶ Licencja
The CPMD program is © 1990-2023 by IBM Corp. and © 1994-2001 by Max Planck Institute, Stuttgart
In 2022, IBM made the CPMD code freely available on GitHub under the MIT License.
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM wykorzystując moduły lub subskrypty
Dostępne wersje subskryptów:
sub-cpmd-4.3
sub-cpmd-4.3.new
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-cpmd-4.3 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
¶ Uruchomienie zadania interaktywnego
user@ui ~> sub-interactive
Przykład uruchomienia zadania interaktywnego:
srun -I --time=6:00:00 --pty bash
¶ Sprawdzanie dostępnych modułów na partycjach
module avail -i cpmd
¶ Ładowanie odpowiedniego modułu
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load CPMD/4.3-GCC-13.3.0
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science Jeśli nie masz konta e-science zarejestruj się.
- Brak usługi Przetwórz na Superkomputerze Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej.
¶ Dokumentacja programu
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do Superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Subskrypty specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia module
- Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj.
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45