¶ CPMD
CPMD (ang. Car-Parrinello Molecular Dynamics) to pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Od 2022 IBM udostępniło pakiet na licecji MIT.
Główne cechy pakietu CPMD:
- Praca z pseudopotencjałami norm-conserving oraz ultrasoft,
- przybliżenia LDA, LSD i GGA, energia swobodna,
- układy periodyczne i aperiodyczne, k-points,
- symetria punktowa i przestrzenna,
- optymalizacja funkcji falowej (bezpośrednia, diagonalizacja, ...),
- dynamika molekularna zespołów mikrokanonicznego (NVE), kanonicznego (NVT) oraz izotermiczno-izobarycznego (NPT),
- dynamika molekularna typu path intagral,
- response functions,
- stany wzbudzone,
- własności elektronowe.
¶ Dostępne wersje na Bem2
cpmd/4.3
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM. Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load cpmd/4.3
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-cpmd-4.3
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-cpmd-4.3 FILE PARAMETERS
Parameters:
-p PARTITION Set partition (queue). Default = normal
-n NODES Set number of nodes. Default = 1
-c CORES Up to 48. Default = 1
-m MEMORY In GB, up to 180 (must be integer value). Default = 2
-t TIME_LIMIT In hours. Default = 12
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum
Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)
Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and
Supercomputing (http://wcss.pl)