¶ Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry
CFOUR to pakiet programów do wykonywania obliczeń kwantowo-chemicznych metodami ab initio. Jego głównym atutem jest dokładne obliczenie energii atomowej i molekularnej, jak również właściwości za pomocą wielociałowego rachunku zaburzeń (MBPT), a w szczególności w połączeniu z metodą Coupled Cluster (CC) korelacji elektronowej.
¶ Dostępne wersje
- cfour/2.1
- cfour/2.1-intel2022a-serial
- niedostępny
- niedostępny
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
¶ Licencja
CFOUR jest licencjonowanym oprogramowaniem (dla celów niekomercyjnych nie jest pobierana opłata).
WCSS posiada licencję dla użytkowników superkomputera.
¶ Sposób użycia
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie:
sub-cfour-2.1-serial
sub-cfour-2.1
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów spowoduje wyświetlenie informacji o sposobie ich określenia:
Usage: /usr/local/bin/bem2/sub-cfour [PARAMETERS] INPUT_FILE MOLECULE_FILE
Parameters:
-p | --partition PARTITION Set partition (queue). Default = bem2-cpu
-n | --nodes NODES Set number of nodes. Default = 1
-c | --cores CORES Up to 48. Default = 1
-m | --memory MEMORY In GB, up to 390 (must be integer value). Default = 1
-t | --time TIME_LIMIT In hours. Default = 1
-s | --specific PARAMETER Description of the SUB SPECIFIC parameter
Sub-skrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
Aby uruchomić program w trybie interaktywnym należy:
¶ Rozpocząć sesję interaktywną
Z domyślnymi parametrami:
user@ui ~> sub-interactive
lub uruchomienia zadania interaktywnego komendą srun:
srun -I --time=6:00:00 --pty bash
¶ Sprawdzanie dostępnych modułów
module avail -i cfour
¶ Ładowanie odpowiedniego modułu
Załadowanie modułu:
module load module load cfour/2.1
- Tworzymy plik
myjob.sh - Wstawiamy plik do kolejki komendą
sbatch
sbatch myjob.sh
Przykładowe zadanie wsadowe z plikiem wejściowymn o nazwie ZMAT
Przykładowy plik ZMAT dla acetonu:
Acetone CC3/aug-cc-pVTZ S0 optimised geometry CC2/VDZ calculation
C 0.00000000 0.00000000 0.18807702
C 0.00000000 2.42007545 -1.31764698
C 0.00000000 -2.42007545 -1.31764698
O 0.00000000 0.00000000 2.48269094
H 0.00000000 4.03690733 -0.05185132
H 0.00000000 -4.03690733 -0.05185132
H 1.66061256 2.48420530 -2.53995285
H -1.66061256 2.48420530 -2.53995285
H 1.66061256 -2.48420530 -2.53995285
H -1.66061256 -2.48420530 -2.53995285
W przypadku obliczeń intensywnie wykorzystujących pamięć, dodaj i dostosuj odpowiednie ustawienia w ostatnim wierszu zawierającym *CFOUR :
*CFOUR(…, MEMORY=16,MEM_UNIT=GB)
*CFOUR(COORD=CARTESIAN,CALC=CC2,BASIS=PVDZ,EXCITE=EOMEE
ESTATE_SYM=1/0/2/2,ESTATE_CONV=8,SCF_CONV=8,CC_CONV=8
FROZEN_CORE=ON)
Sam program CFOUR zużywa 762 MB pamięci! W przypadku małych obliczeń
--memmożna odpowiednio zmniejszyć.
Przykładowy plik sbatch o nazwie myjob.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J cfour
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH --ntasks-per-core=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --mem=20000
#SBATCH -p bem2-cpu
# Chargement du module pour CFOUR v2.1
module load cfour/2.1-intel2022a-serial
# output file name
file="acetone_cc2_vdz_S0min_exc"
# copy input file in TMPDIR
cp ZMAT $TMPDIR
# Lancement du calcul
cd $TMPDIR
time xcfour > ${file}.out
# copy output in submit directory
cp ${file}.out $SLURM_SUBMIT_DIR
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla autorów oprogramowania
W przyszłych publikacjach dotyczących prac wykonanych z wykorzystaniem CFOUR, należy wyraźnie zaznaczyć użycie tego oprogramowania:
D.A. Matthews, L. Cheng, M.E. Harding, F. Lipparini, S. Stopkowicz, T.-C. Jagau, P. G. Szalay, J. Gauss, and J.F. Stanton Coupled-Cluster Techniques for Computational Chemistry: the CFOUR Program Package J. Chem. Phys. 152, 214108 (2020)
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science.pl Jeśli nie masz konta e-science.pl - zarejestruj się
- Brak usługi "Przetwórz na Superkomputerze" Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej
¶ Dokumentacja CFOUR
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostęp do superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze?
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadaniach i usługach
- Sub-skrypty Specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje Lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia
module? - Uruchamianie zadań Jak uruchamiać zadania w systemie kolejkowym SLURM?
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45