AutoDock oraz AutoDock Vina to pakiety służące do przewidywania sposobu wiązania się ligandów do receptora o znanej strukturze przestrzennej. Program wykorzystywany do dokowania molekularnego oraz screeningu układów białko-ligand.
autodock/4.2.6
autodock_vina/1.1.2
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM. Przykład uruchomienia zadania interaktywnego z przekierowaniem wyświetlania:
srun --time=6:00:00 --pty bash
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load autodock_vina/1.1.2
Polecenie do uruchamiania programu głównego:
vina
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, należy cytować artykuł:
Trott, O. and Olson, A.J. (2010), AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading. J. Comput. Chem., 31: 455-461. https://doi.org/10.1002/jcc.21334
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum
Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and
Supercomputing (http://wcss.pl)"