AmberTools składa się z kilku niezależnie opracowanych pakietów, które działają dobrze samodzielnie oraz z Amber. Pakietu można również używać do przeprowadzania pełnych symulacji dynamiki molekularnej, z wykorzystaniem jawnych modeli wodnych lub uogólnionych modeli rozpuszczalników Borna.
Główne cechy AmberTools:
MCPB.py
: programy do tworzenia pól siłowych dla ogólnych cząsteczek organicznych i centrów metaliMMPBSA.py
: oparte na energii analizy trajektorii MDWymagania:
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
Pakiet AmberTools jest bezpłatny, a większość jego komponentów udostępniana jest na licencji GNU General Public License (GPL).
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM wykorzystując moduły
user@ui ~> sub-interactive
Przykład uruchomienia zadania interaktywnego:
srun -I --time=6:00:00 --pty bash
module avail -i ambertools
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load AmberTools/22.3-foss-2021b
Przykładowe:
sander -O -i amber.in -o amber.log -p amber.prmtop -c amber.inpcrd
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
module
?Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl.