¶ AmberTools
AmberTools składa się z kilku niezależnie opracowanych pakietów, które działają dobrze samodzielnie oraz z Amber. Pakietu można również używać do przeprowadzania pełnych symulacji dynamiki molekularnej, z wykorzystaniem jawnych modeli wodnych lub uogólnionych modeli rozpuszczalników Borna.
Główne cechy AmberTools:
- nabc/sff: narzędzia do budowania cząsteczek, uruchamiania MD lub stosowania ograniczeń przy użyciu uogólnionych modeli rozpuszczalnika Borna, Poissona-Boltzmanna lub 3D-RISM
- antechamber i
MCPB.py: programy do tworzenia pól siłowych dla ogólnych cząsteczek organicznych i centrów metali - tleap i parmed: podstawowe narzędzia przygotowawcze do symulacji Amber
- sqm i Quick: semiempirical, DFTB i kody chemii kwantowej ab initio, do samodzielnych obliczeń lub w QM/MM
- pbsa: wykonuje numeryczne rozwiązania modeli Poissona-Boltzmanna
- 3D-RISM: rozwiązuje modele równań całkowych dla solwatacji
- Sander: program do symulacji dynamiki molekularnej
- gem.pmemd: narzędzia do korzystania z zaawansowanych pól siłowych
- mdgx: program do przesuwania granic Amber MD, głównie poprzez dopasowanie parametrów. Obejmuje również konfigurowalne stany wirtualne i wyraźne możliwości MD rozpuszczalnika.
- cpptraj i pytraj: narzędzia do analizy struktury i dynamiki w trajektoriach
MMPBSA.py: oparte na energii analizy trajektorii MD- fe-toolkit: procedury do analizy alchemicznych symulacji wolnej energii
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
¶ Licencja
Pakiet AmberTools jest bezpłatny, a większość jego komponentów udostępniana jest na licencji GNU General Public License (GPL).
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM wykorzystując moduły
¶ Uruchomienie zadania interaktywnego
user@ui ~> sub-interactive
Przykład uruchomienia zadania interaktywnego:
srun -I --time=6:00:00 --pty bash
¶ Sprawdzanie dostępnych modułów na partycjach
module avail -i ambertools
¶ Ładowanie odpowiedniego modułu
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load AmberTools/22.3-foss-2021b
¶ Polecenie do uruchamiania programu głównego
Przykładowe:
sander -O -i amber.in -o amber.log -p amber.prmtop -c amber.inpcrd
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science.pl Jeśli nie masz konta e-science.pl - zarejestruj się
- Brak usługi "Przetwórz na Superkomputerze" Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej
¶ Dokumentacja AmberTools
- Strona domowa pakietu AmberTools
- Dokumentacja pakietu AmberTools
- Tutorial pakietu AmberTools
- Lista dyskusyjna użytkowników pakietu AmberTools
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostęp do superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze?
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadaniach i usługach
- Sub-skrypty Specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje Lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia
module? - Uruchamianie zadań Jak uruchomić zadania w systemie kolejkowym SLURM?
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl.