¶ AmberTools
AmberTools składa się z kilku niezależnie opracowanych pakietów, które działają dobrze samodzielnie oraz z Amber. Pakietu można również używać do przeprowadzania pełnych symulacji dynamiki molekularnej, z wykorzystaniem jawnych modeli wodnych lub uogólnionych modeli rozpuszczalników Borna.
Główne cechy AmberTools:
- nabc/sff: narzędzia do budowania cząsteczek, uruchamiania MD lub stosowania ograniczeń przy użyciu uogólnionych modeli rozpuszczalnika Borna, Poissona-Boltzmanna lub 3D-RISM
- antechamber i
MCPB.py: programy do tworzenia pól siłowych dla ogólnych cząsteczek organicznych i centrów metali - tleap i parmed: podstawowe narzędzia przygotowawcze do symulacji Amber
- sqm i Quick: semiempirical, DFTB i kody chemii kwantowej ab initio, do samodzielnych obliczeń lub w QM/MM
- pbsa: wykonuje numeryczne rozwiązania modeli Poissona-Boltzmanna
- 3D-RISM: rozwiązuje modele równań całkowych dla solwatacji
- Sander: program do symulacji dynamiki molekularnej
- gem.pmemd: narzędzia do korzystania z zaawansowanych pól siłowych
- mdgx: program do przesuwania granic Amber MD, głównie poprzez dopasowanie parametrów. Obejmuje również konfigurowalne stany wirtualne i wyraźne możliwości MD rozpuszczalnika.
- cpptraj i pytraj: narzędzia do analizy struktury i dynamiki w trajektoriach
MMPBSA.py: oparte na energii analizy trajektorii MD- fe-toolkit: procedury do analizy alchemicznych symulacji wolnej energii
¶ Dostępne wersje na Bem2
AmberTools/22.3-foss-2021b
¶ Licencja
Pakiet AmberTools jest bezpłatny, a jego komponenty są w większości udostępniane na licencji GNU General Public License (GPL). Uwzględniono kilka komponentów, które są w domenie publicznej lub mają inne licencje typu open source. Program Sander posiada licencję LGPL.
¶ Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego SLURM.
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów. Załadowanie modułu w powłoce:
module load AmberTools/22.3-foss-2021b
Pakiet dostępny jest w katalogu:
/usr/local/easybuild/software/AmberTools/22.3-foss-2021b
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum
Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)"
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and
Supercomputing (http://wcss.pl)"