¶ Gaussian
Jeden z najpopularniejszych programów do modelowania układów cząsteczkowych z wykorzystaniem mechaniki kwantowej. Stosowany jest przez chemików, fizyków i inżynierów w dziedzinie chemii teoretycznej i eksperymentalnej.
Program jest szczególnie przydatny w obszarach, w których szybko zachodzące zmiany i krótko trwające stany pośrednie układów uniemożliwiają obserwację eksperymentalną zachodzących w nich procesów. Gaussian umożliwia badanie układów na poziomie ab initio oraz na poziomie bardziej uproszczonym (np. półempirycznym).
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
¶ Licencja
WCSS posiada licencję dla użytkowników superkomputerów
Dostęp do programu jest automatycznie przyznawany wszystkim użytkownikom, którzy mają dostęp do usługi "Przetworz na Superkomputerze".
¶ Sposób użycia
Przykładowa komenda do zlecenia zadania z plikiem input plik:
sub-gaussian plik -c 12 -m 150 -t 8 -C "*.chk" --formchk
Komenda sub-gaussian do zlecania zadań do systemu kolejkowego dla programu Gaussian16.
Sub-skrypty należy uruchamiać wyłącznie na węźle dostępowym ui.wcss.pl
Ważne informacje:
- domyślna partycja dla
sub-gaussiantolem-cpu - na początku zadania plik wejściowy programu Gaussian jest kopiowany do
$TMPDIR. Dodatkowe pliki należy przekazywać za pomocą opcji--copy
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów spowoduje wyświetlenie informacji o sposobie ich określenia:
sub-gaussian @ WCSS
You have to at least provide input file. Aborting...
Usage: sub-gaussian [OPTIONS] INPUT
Option Default Description
----------------------------------------------------------------------------------------
--debug Print sub script and exit. (requires input)
-C | --copy Copy additional files to TMPDIR.
Example: --copy="file.inp *.chk"
-B | --copy-back Copy specified files back from TMPDIR.
Example: --copy-back="myfile.cube *.wfn"
----------------------------------------------------------------------------------------
-p | --partition lem-cpu Set partition (queue).
-n | --nodes 1 Set number of nodes.
-c | --cores 8 Set number of cores
-m | --memory 100 In GB (must be integer value).
-t | --time 1 In hours.
| --gres E.g. 10GB tmpdir on /dev/shm would be:
--gres=storage:shm:10g
--mail none Possible options: BEGIN,END,FAIL,ALL.
Example: --mail BEGIN,END
----------------------------------------------------------------------------------------
--formchk Use 'formchk' command after calculations are finished.
pliki
chkgenerowane wTMPDIRnie będą automatycznie kopiowane doSLURM_SUBMIT_DIR
Aby plik chk został skopiowany do katalogu roboczego w zadaniu należy użyć:
-C "*.chk"
Aby jakiekolwiek pliki chk były automatycznie kopiowane do submit dira:
-B "*.chk"
Korzystanie z domyślnego TMPDIR dla danej partycji:
| Partycja | TMPDIR domyślny |
|---|---|
| lem-cpu | lokalny TMPDIR z domyślnym limitem na zajętość 200G (możliwy do zmiany za pomocą opcji --gres=storage:local:<QUOTA>) |
| bem2-cpu | współdzielony TMPDIR na Lustre TMP (bez ograniczeń na zajętość) |
Prosimy jednak o ostrożność przy korzystaniu z automatycznej opcji --copy-back w przypadku dużych symulacji.
¶ Dostępne wersje programu
W zadaniu interaktywnym wylistuj dostępne moduły Gaussian poleceniem:
module avail -i gaussian
¶ Ładowanie modułu
Załadowanie modułu w powłoce:
module load gaussian/16.C.02
Zadanie wsadowe wstawia się do kolejki za pomocą polecenia sbatch.
sbatch myjob.sh
Należy przygotować odpowiedni skrypt, który zawiera informacje na temat alokacji zasobów oraz wykonywanych programów.
Przykładowy skrypt myjob.shz plikiem input water.com:
#!/bin/bash -l
#SBATCH --job-name=gaussian_example
#SBATCH -N1
#SBATCH -c10
#SBATCH --mem=10gb
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --output=gauss_slurm.%j.log
source /usr/local/sbin/modules.sh
# make the program and environment visible to this script
module load gaussian/16.C.02
# name of input file without extension
input=water.com
# create the temporary folder
export GAUSS_SCRDIR=$HOME/$USER/$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
echo $GAUSS_SCRDIR
# copy input file to temporary folder
cp $SLURM_SUBMIT_DIR/$input $GAUSS_SCRDIR
# run the program
cd $GAUSS_SCRDIR
g16 <$input > $input.out
# copy result files back to submit directory
cp $input.out $SLURM_SUBMIT_DIR
exit 0
water.com (na końcu pliku muszą znajdować się dwie PUSTE linie)
%chk=water
%mem=500MB
#p b3lyp/cc-pVDZ opt
structure optimization of water
0 1
O
H 1 0.96
H 1 0.96 2 109.471221
¶ Narzędzia formchk i cubegen
Jeśli istnieje potrzeba użycia narzędzi Gaussiana, takich jak
formchkczycubegen, należy to zrobić w zadaniu interaktywnym
sub-interactive
module load gaussian/16.C.02
formchk
¶ Flaga --formchk w sub-skryptach
Flaga --formchk automatycznie utworzy plik fchk na podstawie pliku chk.
Plik fchk będzie tworzony w katalogu, z którego wysłano zadanie.
Skrypt wyszuka w pliku wejściowym wartość znajdującą się po %chk=, a następnie utworzy na tej podstawie plik o tej samej nazwie z rozszerzeniem .fchk.
Plik chk musi znajdować się w katalogu roboczym (workdir), w momencie wykonywania tej operacji, czyli musi zostać utworzony w trakcie obliczeń lub przekazany za pomocą flagi --copy.
Na końcu zadania dodaliśmy do pliku slurm.out informację zawierającą pełną ścieżkę do plików z katalogu roboczego, na przykład w takiej formie:
JOB END: Wed May 14 18:19:03 CEST 2025
Total job time: 00:00:07
WORKDIR_FILES = /lustre/tmp/slurm/finished_jobs/3656616
Aby mieć dostęp do tych plików należy skorzystać (dla partycji lem-cpu) z komendy:
sub-interactive -p lem-cpu
¶ Informacje o wykorzystaniu
W ramach dostępu do licencji zaleca się umieszczanie w publikacjach, plakatach itp. informacji o wykorzystanym oprogramowaniu, zgodnie z wytycznymi podanymi na stronie Gaussiana
Gaussian 16, Revision C.01, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, X. Li, M. Caricato, A. V. Marenich, J. Bloino, B. G. Janesko, R. Gomperts, B. Mennucci, H. P. Hratchian, J. V. Ortiz, A. F. Izmaylov, J. L. Sonnenberg, D. Williams-Young, F. Ding, F. Lipparini, F. Egidi, J. Goings, B. Peng, A. Petrone, T. Henderson, D. Ranasinghe, V. G. Zakrzewski, J. Gao, N. Rega, G. Zheng, W. Liang, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, K. Throssell, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. J. Bearpark, J. J. Heyd, E. N. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. A. Keith, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. P. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, J. M. Millam, M. Klene, C. Adamo, R. Cammi, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, O. Farkas, J. B. Foresman, and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2016.
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
¶ Dokumentacja Gaussian
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science.pl Jeśli nie masz konta e-science.pl - zarejestruj się
- Brak usługi "Przetwórz na Superkomputerze" Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej
¶ Gaussian - polecane publikacje
- Strona domowa pakietu Gaussian
- Książka Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, 3rd ed. 2015
- Krótki przewodnik dla początkujących
- Gaussian w praktyce
- Dr. Joaquin Barroso's blog
- Książka J. B. Foresman and Æ Frisch, Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostep do superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze?
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadanich i usługach
- Sub-skrypty Specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje Lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia
module? - Uruchamianie zadań Jak uruchamiać zadania w systemie kolejkowym SLURM?
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl lub pod telefonem 71 320 47 45