¶ AutoDock
AutoDock oraz AutoDock Vina to pakiety służące do przewidywania sposobu wiązania się ligandów do receptora o znanej strukturze przestrzennej. Program wykorzystywany do dokowania molekularnego oraz screeningu układów białko-ligand.
¶ Warunki dostępu
Wymagania:
- konto na platformie e-science.pl
- aktywna usługa "Przetwórz na Superkomputerze"
Jeśli nie spełniasz powyższych wymagań kliknij tutaj
¶ Licencja
AutoDock Vina jest objęty licencją Apache, która nakłada jedynie niewielkie ograniczenia dotyczące użytkowania komercyjnego, niekomercyjnego oraz tworzenia prac pochodnych (Treść licencji).
¶ Sposób użycia
Do uruchomienie programu w trybie interaktywnym należy:
¶ Uruchomienie zadamia interaktywnego
user@ui ~> sub-interactive
¶ Sprawdzanie dostepnych modułów
module avail -i autodock
¶ Ładowanie odpowiedniego modułu
module load autodock_vina/1.1.2
¶ Uruchamiania programu głównego
vina
- Tworzymy plik
myjob.sh - Wstawiamy do kolejki komendą
sbatch
sbatch myjob.sh
Przykładowe zadanie wsadowe z plikiem wejściowym my_input.inp
#!/bin/bash
#SBATCH -J "AD_Vina" # name of job in SLURM
#SBATCH --partition=bem2-cpu
#SBATCH --ntasks= # number of parallel tasks
#SBATCH --cpus-per-task=8 # number of cpus per task
#SBATCH --time=hh:mm:ss # time limit for a job
#SBATCH -o stdout.%J.out # standard output
#SBATCH -e stderr.%J.out # error output
# Modules
module load - autodock_vina/1.1.2
# Home
HOME_DIR=`pwd`
# Compounds
ligand=<ligand>.pdbqt
protein=<protein>.pdbqt
# Target location
export WORK_DIR=/work/$USER/$SLURM_JOB_ID
rm -rf $WORK_DIR; mkdir -p $WORK_DIR
# Copy desired compounds
cp $HOME_DIR/$ligand $WORK_DIR/
cp $HOME_DIR/$protein $WORK_DIR/
cd $WORK_DIR
# Exhaustiveness - docking parameter describing robustness of the search, required CPU time is increases linearly, chance of missing certain pose decreases exponentialy
exht=
# Run AutoDock Vina
# This step requires config.txt file, see $vina/vina --help for list of neccessary and optional parameters
$vina/vina --verbosity 2 --exhaustiveness $exht --cpu $SLURM_CPUS_PER_TASK --ligand $ligand --receptor $receptor --config $HOME_DIR/config.txt --out ${ligand}_${protein}.pdbqt >> ${ligand}_${protein}_log.txt
# Copy files back
rm -rf $HOME_DIR/${ligand}_${protein}; mkdir -p $HOME_DIR/${ligand}_${protein}
cp ${ligand}_${protein}.pdbqt $HOME_DIR/${ligand}_${protein}
cp ${ligand}_${protein}_log.txt $HOME_DIR/${ligand}_${protein}
# Cleanup
cd $HOME_DIR
rm -rf $WORK_DIR
since the AutoDock Vina requires relatively small cpu time and is often used to dock thousands of compounds, it is advantageous to use an slurm array submission, with each array job cyclying over list of compounds that are to be docked.
¶ Informacje o wykorzystaniu
¶ Podziękowania dla autorów
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, należy cytować artykuły:
J. Eberhardt, D. Santos-Martins, A. F. Tillack, and S. Forli. (2021). AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings. Journal of Chemical Information and Modeling.
O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461
¶ Podziękowania dla WCSS
Wszelkie publikacje, w tym prace doktorskie i dyplomowe, wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji) zgodnej z aktualnie obowiązującym regulaminem.
"Opracowano przy użyciu zasobów udostępnionych przez Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (http://wcss.pl)”
"Created using resources provided by Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://wcss.pl)"
¶ Zobacz również
¶ Mam problem z...
- Brak konta e-science.pl Jeśli nie masz konta e-science.pl - zarejestruj się
- Brak usługi "Przetwórz na Superkomputerze" Złóż wniosek o nową usługę lub modyfikację istniejącej
¶ Dokumentacja programu
¶ Dokumentacja KDM
- Jak uzyskać dostęp do superkomputera?
- Rejestr zużycia zasobów Jak sprawdzić dostępne zasoby w usłudze?
- HPC info Szczegółowe informacje o użyciu zasobów w zadaniach i usługach
- Sub-skrypty Specjalne przygotowane skrypty do uruchamiania poszczególnych wersji danego programu
- Partycje Lista partycji GPU i sprawdzanie dostępności węzłów
- Moduły Jak korzystać z polecenia
module? - Uruchamianie zadań w sytemie kolejkowym SLURM
Pełna wersja dokumentacji użytkownika WCSS znajduje się tutaj
Jeśli nie znajdziesz rozwiązania w powyżej dokumentacji, prosimy o kontakt z kdm@wcss.pl